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Commit 404d684c authored by Balazs Laurenczy's avatar Balazs Laurenczy
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MelArray pipeline v06

parent 52ce1e8c
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MelArray/other/original_bash_scripts/Mel_3_HC_170228.sh 0 → 100644
+ 62
− 0
View file @ 404d684c
#!/bin/bash
rg_dir6=`echo Haplotype_Caller`
mkdir -p "$rg_dir6"
foo9 () {
local i=$1
NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam/\1/'`;
java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/GATK_3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T HaplotypeCaller -R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta -I ${i} --emitRefConfidence GVCF --variant_index_type LINEAR --variant_index_parameter 128000 -o ${NAME}_raw.g.vcf --dbsnp /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz
}
export -f foo9
for i in *sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam
do
sem -j 32 foo9 "$i"
done
sem --wait
ls *.g.vcf > vcf.list
java -Xmx30g -jar /data/Phil/software/GATK_3.7/GenomeAnalysisTK.jar \
-R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta \
-T GenotypeGVCFs \
-V vcf.list \
--dbsnp /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz \
-nt 8 \
-o output.vcf
java -Xmx32g -jar /data/Phil/software/GATK_3.7/GenomeAnalysisTK.jar \
-T VariantRecalibrator \
-R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta \
-nt 8 -input output.vcf -recalFile melarray_snv.recal -tranchesFile melarray_snv.tranches \
-resource:hapmap,known=false,training=true,truth=true,prior=15.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/hapmap_3.3.hg19.sites.vcf.gz \
-resource:omni,known=false,training=true,truth=true,prior=12.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/1000G_omni2.5.hg19.sites.vcf.gz \
-resource:1000G,known=false,training=true,truth=false,prior=10.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg19.sites.vcf.gz \
-resource:dbsnp,known=true,training=false,truth=false,prior=2.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz \
-an QD -an MQ -an MQRankSum -an ReadPosRankSum -an FS -an SOR -an DP -mode SNP
java -Xmx32g -jar /data/Phil/software/GATK_3.7/GenomeAnalysisTK.jar \
-T ApplyRecalibration \
-R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta \
-input output.vcf --ts_filter_level 99.5 -tranchesFile melarray_snv.tranches -recalFile melarray_snv.recal -mode SNP -o melarray_snv_recal.vcf
java -Xmx32g -jar /data/Phil/software/GATK_3.7/GenomeAnalysisTK.jar \
-T VariantRecalibrator \
-R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta \
--maxGaussians 4 \
-resource:mills,known=false,training=true,truth=true,prior=12.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.sites.vcf.gz \
-resource:dbsnp,known=true,training=false,truth=false,prior=2.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz \
-an QD -an MQ -an MQRankSum -an ReadPosRankSum -an FS -an SOR -an DP -mode INDEL -nt 8 \
-input melarray_snv_recal.vcf -recalFile melarray_indel.recal -tranchesFile melarray_indel.tranches
java -Xmx32g -jar /data/Phil/software/GATK_3.7/GenomeAnalysisTK.jar \
-T ApplyRecalibration \
-R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta \
-input melarray_snv_recal.vcf --ts_filter_level 90.0 -tranchesFile melarray_indel.tranches -recalFile melarray_indel.recal -mode INDEL -o melarray_snv_indel_recal.vcf
mv *.g.vcf Haplotype_Caller
mv *.g.vcf.idx Haplotype_Caller
mv *.vcf HaplotypeCaller/Merge
mv *.recal HaplotypeCaller/VQSR
mv *.tranches HaplotypeCaller/VQSR
MelArray/other/run_times/20170524_015400_rules_timing.png 0 → 100644
+ 0
− 0
View file @ 404d684c
MelArray/other/run_times/20170524_015400_rules_timing.png

108 KiB

MelArray/other/run_times/20170524_015400_samples_timing.png 0 → 100644
+ 0
− 0
View file @ 404d684c
MelArray/other/run_times/20170524_015400_samples_timing.png

52.2 KiB

MelArray/scripts/parse_qsubs_times.py
+ 7
− 2
View file @ 404d684c
...@@ -4,8 +4,8 @@ import random ...@@ -4,8 +4,8 @@ import random
import datetime as dt import datetime as dt
import matplotlib.pyplot as plt import matplotlib.pyplot as plt
save_path = '/Users/bal/SIS/USZ/MelArray/other/run_times/20170518_160300_' save_path = '/Users/bal/SIS/USZ/MelArray/other/run_times/20170524_015400_'
qsubs_file_path = "/data/USZ/data/old_runs/20170518_160300_all_reads_hg19_usz_derm/qsubs.txt" qsubs_file_path = "/data/USZ/data/old_runs/20170524_015400_v06/qsubs.txt"
rules = [] rules = []
...@@ -18,6 +18,11 @@ with open(qsubs_file_path) as qsubs_file: ...@@ -18,6 +18,11 @@ with open(qsubs_file_path) as qsubs_file:
n = 0 n = 0
for line in qsubs_file: for line in qsubs_file:
line = line[:-1] line = line[:-1]
if re.match('^-- rename', line):
qsubs_file.readline()
qsubs_file.readline()
continue
# print(str(i) + ': "' + line + '"') # print(str(i) + ': "' + line + '"')
if i == 0: if i == 0:
m = re.match('^-- (\w+)_(\w+) +--$', line) m = re.match('^-- (\w+)_(\w+) +--$', line)
......
pipeline1/Mel_1_skewer_170228.txt deleted 100644 → 0
+ 0
− 20
View file @ 52ce1e8c
#!/bin/bash
rg_dir=`echo 2_skewer`
mkdir -p "$rg_dir"
foo () {
local i=$1
OUTPUT_DIR=`echo ./2_skewer`
SAMPLE=`echo $i | sed 's/\(.*\)_R1.fastq.gz/\1/'`;
NAME=`echo $i | sed 's/[0-9]*.A-\([A-Za-z0-9-]*\)_[A-Za-z0-9_]*_R1.fastq.gz/\1/'`;
#echo ${i}
#echo ${SAMPLE}_R2.fastq.gz
#echo ${NAME}_R2.fastq.gz
skewer -t 32 -m pe -q 20 -z ${i} ${SAMPLE}_R2.fastq.gz -o ${NAME}
}
for i in *R1.fastq.gz
do foo "$i"
done
mv *trimmed* ./2_skewer
pipeline1/Mel_2_bwa_GATK_170228.txt deleted 100644 → 0
+ 0
− 153
View file @ 52ce1e8c
#!/bin/bash
rg_dir=`echo 3_bwamem`
mkdir -p "$rg_dir"
foo () {
local i=$1
OUTPUT_DIR=`echo ./3_bwamem`
#OUTPUT_DIR2=`echo ./GATK_RNA_dedup/`
SAMPLE=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9]*\)-trimmed-pair1.fastq.gz/\1/'`;
#NAME=`echo $i | sed 's/[0-9]*.[A-Z]-\([A-Za-z0-9-]*\)_R1.fastq-trimmed-pair1.fastq.gz/\1/'`;
#dir = `echo pwd`
#echo ${SAMPLE}
#echo $NAME
#echo ${i}
#echo ./${SAMPLE}_R1.fastq-trimmed-pair2.fastq.gz
bwa mem -t 16 -M -R "@RG\tID:Melanoma\tLB:Melarray\tSM:${SAMPLE}\tPL:ILLUMINA\tPU:HiSEQ4000" /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta ./${i} ./${SAMPLE}-trimmed-pair2.fastq.gz | java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/picard-tools-2.4.1/picard.jar SortSam I=/dev/stdin O=${SAMPLE}_sorted.bam CREATE_INDEX=true VALIDATION_STRINGENCY=SILENT SO=coordinate
}
export -f foo
for i in *-trimmed-pair1.fastq.gz
do
sem -j 1 foo "$i"
done
sem --wait
rg_dir2=`echo 4_dedup`
mkdir -p "$rg_dir2"
foo2 () {
local i=$1
#OUTPUT_DIR=`echo 4_dedup/`
#OUTPUT_DIR2=`echo ./GATK_RNA_dedup/`
NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted.bam/\1/'`;
echo ${NAME}
java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/picard-tools-2.4.1/picard.jar MarkDuplicates I=${i} O=${NAME}_sorted_dedup.bam M=${NAME}_metrics.txt
}
export -f foo2
for i in *sorted.bam
do
sem -j 16 --id dedup foo2 "$i"
done
sem --wait --id dedup
rg_dir3=`echo 5_fixmate`
mkdir -p "$rg_dir3"
foo3 () {
local i=$1
OUTPUT_DIR=`echo ./5_fixmate/`
#OUTPUT_DIR2=`echo ./GATK_RNA_dedup/`
NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup.bam/\1/'`;
echo ${NAME}
java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/picard-tools-2.4.1/picard.jar FixMateInformation VALIDATION_STRINGENCY=SILENT CREATE_INDEX=true SORT_ORDER=coordinate I=${i} O=${NAME}_sorted_dedup_fixmate.bam
}
export -f foo3
for i in *sorted_dedup.bam
do
sem -j 16 --id fixmate foo3 "$i"
done
sem --wait --id fixmate
rg_dir4=`echo 6_bqsr`
mkdir -p "$rg_dir4"
foo4 () {
local i=$1
NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate.bam/\1/'`;
echo ${NAME}
java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/GATK_3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T BaseRecalibrator -R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta -I ${i} -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.sites.vcf.gz -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg19.sites.vcf.gz -L 151127_out.bed --interval_padding 100 -o ${NAME}_recal_data.table
}
export -f foo4
for i in *sorted_dedup_fixmate.bam
do
sem -j 16 foo4 "$i"
done
sem --wait
foo5 () {
local i=$1
NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate.bam/\1/'`;
java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/GATK_3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T BaseRecalibrator -R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta -I ${i} -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.sites.vcf.gz -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg19.sites.vcf.gz -L 151127_out.bed --interval_padding 100 -BQSR ${NAME}_recal_data.table -o ${NAME}_post_recal_data.table
}
export -f foo5
for i in *sorted_dedup_fixmate.bam
do
sem -j 16 foo5 "$i"
done
sem --wait
foo6 () {
local i=$1
NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate.bam/\1/'`;
java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/GATK_3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T AnalyzeCovariates -R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta -before ${NAME}_recal_data.table -after ${NAME}_post_recal_data.table -plots ${NAME}_recalibration_plots.pdf
}
export -f foo6
for i in *sorted_dedup_fixmate.bam
do
sem -j 16 foo6 "$i"
done
sem --wait
foo7 () {
local i=$1
OUTPUT_DIR=`echo GATK_BQSR/`
NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate.bam/\1/'`;
java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/GATK_3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta -I ${i} -BQSR ${NAME}_recal_data.table -o ${NAME}_sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam
}
export -f foo7
for i in *sorted_dedup_fixmate.bam
do
sem -j 16 foo7 "$i"
done
sem --wait
rg_dir5=`echo QC_reports`
mkdir -p "$rg_dir5"
foo8 () {
local i=$1
NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam/\1/'`;
java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/picard-tools-2.4.1/picard.jar CollectHsMetrics I=${i} O=${NAME}_hs_metrics.txt R=/data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta BAIT_INTERVALS=melarray.interval_list TARGET_INTERVALS=melarray.interval_list
java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/picard-tools-2.4.1/picard.jar CollectAlignmentSummaryMetrics I=${i} O=${NAME}_aln_metrics.txt R=/data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta
}
export -f foo8
for i in *sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam
do
sem -j 32 foo8 "$i"
done
sem --wait
mv *sorted.bam 3_bwamem
mv *sorted.bai 3_bwamem
mv *metrics.txt 4_dedup
mv *sorted_dedup.bam 4_dedup
mv *sorted_dedup_fixmate.bam 5_fixmate
mv *sorted_dedup_fixmate.bai 5_fixmate
mv *.table 6_bqsr
mv *plots.pdf 6_bqsr
mv *sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam 6_bqsr
mv *sorted_dedup_fixmate_bqsr.bai 6_bqsr
mv *pcr_metrics.txt QC_reports
mv *aln_metrics.txt QC_reports
mv *hs_metrics.txt QC_reports
pipeline1/dag.png deleted 100644 → 0
+ 0
− 0
View file @ 52ce1e8c
pipeline1/dag.png

18.9 KiB

pipeline1/dag_partial.png deleted 100644 → 0
+ 0
− 0
View file @ 52ce1e8c
pipeline1/dag_partial.png

20.3 KiB

pipeline1/input/000001.fastq deleted 100644 → 0
+ 0
− 40
View file @ 52ce1e8c
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18189:1574 1:Y:0:ATCAC
TTTTCCCTCCTTTCTTTCCCCTCCTTCCTCTTTTGCTTTCCACACCCCTTCTCTCTCCCCTTCTCTCTCCCCCCCCCTCTCCCCCTCTCTCTCCCCCTCTCTTTCCCCCCCTCTCTCCCCCTCTCTCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCCCCTCCCTCCTCCCTCCCCCCCCCTCTTCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCT
+
>11>>1BD1A1DA13BF31B1110B1101AD13111111BA21100///00A1211AAAA000112A110AA###################################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:14927:1801 1:Y:0:ATCAC
GTAGCCCTCCTTTACTTCCCGTGGTGAAGCTGGTGGAGTCTGCAGTGGTGGCAGCAGCAACCTTCGACACCGCAGCTAGCAATACCCTCCGGCCTGCCCCTGTTCTGTAAAACATACGCTAGAATGCTCAGATAAAGGACCCTAGGAGAAGGCACCCTGGGGCAAGCAGGTTGGCGAAGCTGAGTACAGACTCCCCAGACACAGTGCCAGGATAGGCCTGGCATTGGGGGGAGGGCACAGAGGGTAACCTC
+
1>11ADFFAAFFF11BFFAG?100FC111BF10B000ABFG1E21B10D//B0/EACF0BGGGGGACFEEF?E?E@G1BE1111BFFGFE//>>ECEEFFF/FGGGFG2222BEF1B0CF?/11F1FFGFFBF1111BBFCCG00010/00AEAFFCHB..-<-<CCGBE<D/-/?---@CF0:;0C000:9FFEFFB.9//9.00BC00..;9//99BA?A-;BBB--;---9-9AAB-B/AB9BFFFF#
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16028:1826 1:Y:0:ATCAC
TCTACCCTCCTTTAATTCCCCTGGTCCAACTGCAGCTGCCATCTCCCCTTAGAAGGCTTCCTACCGAGCCCTGACTTCATCCCCAGTTTCCCACTTCATTTACAACCCCGTGCCTCTTCCACTGGCACCCAAGAATCCTCCCCAGAAAACTCCACACCCCTCCCTCAGGCCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCTCCCCTTCCTCCCCCTCCCCCTTTTTCTCTTCCCTTTCTTCT
+
>111>@CFAAFFE13BFBBG1110BBE11AB0B11A01AF1DFG1A0/BB1B1A10ABAAAF2BF///AAFGF0BBF@EFE@?F0/@BFB@@1BBEB2B2B2B21B?A>/?//?B>>FFE1BB10/0B??F//00BB<B1<??0//0100<<11@1?A#############################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18682:1855 1:Y:0:ATCAC
ACACCCCTCCTTTAATTCCCGTAGTGAAGCTGGTGGAGTCTGCAACTCTATAGGTGGAACACCTATATGAACTAACCAGTACCCCCTGGAACCCTTGTGTCTAGCTGCACATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTGGGAACAGAGTCCTCTTGATCTTGCAAACTTTATATGCCCCAATAAAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAATGGGAGTGTGTGGGTAGGGGAGCAGGGCGAGGGGGTATN
+
A11>A>DAAAFFFG3FGA3F?000BAA3GCF10A0A00BBG11E1BBAF1ADA1FDEABB0BEGGGBGHBGFGF1ABDFHGFGGE@EFEBCCEAGF0FFGFGFDFGGFCHBF1G2FG2B11F1BDFBGF0CFGECECCHHFHHDBE/1/0F0F1@1>DGHB2<FGHFFBG1?FDF1?1@DDGGFC.FB111D?C.<<GB000.<A...:.//;0C.CAE?B0AA..CFEE?A?-AAFE@G<-;--@-;AF#
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13696:1865 1:Y:0:ATCAC
TATGCCCTCCTTTAATTCCCGTGGTGAAGCTGATGGAGTCTGCCTGCCTGGAGGGCTTCAGGCCAGCTCAGCAAGATTCCCCAAGGATGCTAAGTCTGCCATGTGCAGCTCTGAGGGTCTGGAATTCCCCAGCCCGGCCCTCACCCCAAAGGCCGTGGTCACACCAGCCCCTCCGCGGCGTTCATCCCATCCTCGCGACAAACGTCCAGGCTGCCCAGGGCCTTCGGGGCCTCCCCGGATGACTTTTCCGG
+
A1>>>BFFAAFFG13FGEAG1100A0111BF11B1100BBF1DBB100B1/00A/AFGBD11BB///FE10B1000BFEEDG0///011BF221B2B1FE1B1B2D21BGGG11B//?FG0011BFFFGC0/FFE//<CCHH0?@G@//000FG@</-.1111>A.0>FF<<AC.<----9:A/9;C90;CAB##########################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13674:1866 1:Y:0:ATCAC
CCTTCCCTCCTTTAATTCCCGTGGTGACGCTGATGGAGTCGGCATGATGCTTGTTGGCCAGCTCAACACGTTTGCAACCTAGGTCCATGGTAGATCCTGGGAACCTTATAACAGCGCTTTTCCCAGGTACAGTAGGTATAGACGCTAAGTGTTCTTGCCGACACACATTTTTATGCACAAAAATGTAAGCTCTTTATACAACTCTTTATACTGGACTTCTTAAGGATGGCAATAATTCTGGAACTTTGTNN
+
>1>>>BFFFAFFF13BFEDG110AF011AAB00B1100BAA/A/A01D21BF1FG0AGAC/AGG11F1FAGHF?D21BFG11>FGF1210F211BFGF10/01??FG1B22111B//FEFHHDE11/BGD12B2>1FDF2B2</<C?/1FBFH2?G1<?//<-<0C.FGHHH.F000<0/...<DD000<DFGGG0;0:00/;:CGH0;0;C0B/9BFGGF00000:;.//0;00;FFFF0099;FFEF00
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:12099:1882 1:Y:0:ATCAC
CTTCCCCTCCTTTCATTCCCCTGGTGCAGCTGATGGAGTCGATGCTTCTCCCCAGAGCCTCTCTGCCCCTAGCATCCCTGGTTTACTTTGCCTGAGCCTAACTAAGCTCTGTGAAGAAATCATCTGAGTGAATCCCTGTTCCTAACTCAGCTGTGGGCTCAGGGTAGTTACTTAATAGATACGGTCTGGAATAACGAGCAATGCCCTGCGTTCCATGGTAGACGTAGCTACAGTCTGTATAGGTCTCACAT
+
>1>1A>FFAAFFF13BF33B1100BB1AAAE111110ABB00AF/A21B11BBF///B0FFEAFB1AABF/EF1FE0/F1/BB01@BDG1BB11001>F110B1110@1B1B2221100BB1BEB121B11221BB11BF>FE21B>F11111B00/?0?100@F0/FD22@FD1111111</?FEA################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15290:1889 1:Y:0:ATCAC
ACGGCCCTCCTTTAATTCCCCAGGTCCAGCTGCAGCAGTCATGGAGGCAGTGAGGAGCATGACACCATCATCATGGCCAGCAAAGGCATGGCCAGGGACAGGACCCGTGCGGGGGTGGGGCAACCGCAGGAGAGATGGACAGATGTCTGTCCCTGGACCTCAGTCCCCTTCCTGTTTTGGGATGCACAGTGAACACACTGGTAAGCTGCTGCAGGCGTTAATTCAGGGGCTGCAAAGGCAACTTGGGTTGG
+
1>1>AADAAAFFG13FGEDGC00AGHHCHFG1F0BA0AFH1DDB1C/A//BF1B01/F/BG1B1B/ABEFGFBGBEFEGC/0010B?>E00B>1////?///0?FE@E///@///<--<-<-.<C----:CC.EAGCG/:0E/99CBBBFFFFB0A/;BCF//;BFFAFGFFFFFFBF#########################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16520:1895 1:Y:0:ATCAC
ACCGCCCTCCTTTATTTCCCCTGGTTCAACTGCTGCTGTCAACTGGCTTGTTTCAGGGCTATATTTATTCATAGTCAGTATTCACTTTTTTCTTTCTGCATTTTTATCTGAGCACCAGCAAGGTCCCTTCCCCTCCCTGGAAAATCTAAATGGCTACTCTGATACTGGGTTTGTGCTTAGTAAAACTAGCTGCAACTTGAAGAGGAAGCAGGCATCTACTCAGTCTTCTTGTGTTGGGACTGGAAGGGGCN
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TCTTTCTCCTTTTCCTTTTTCTTCTTCTCCCCTTTTCTCTTTTTCTTCTTTCTTTCTCTCTTTTTTTTCTTTTTCCTTCTTCCCTTCTCCCCTTTCTTCTTTCTTCCTTCCCCTTCTTTCCTTTTCTCTCTCTCTCTTTTCCCTCTCTCTTTCCTCTTTTTTCTCCCTCTTCCTTTTTTTTTTTTCTTCTCTCTTCTTTTTTTCCTTTCTCCTCCTCTCTCTTCCTTTTCCTTCTGTTTTCTTCTCTTTTC
+
1111133311131313331111333A33110000113132211101122112A112A##################################################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:12995:1651 2:Y:0:CTTGT
TTCTCCCCCCTTTCCTCTCTCTTCTTCTCCCCCTTTTTCCTTTTCCTTTTTCTTTCTCTCTTCTCTCCCTTTTCCCTCTTTCCCTTCTCCCCTCTCCTCCTTCTTCCTCTCTCCTCTTTCTCTCTCCTCCTCTTCTTTCTCCTCTCCTCTCCCCCTTCTCCTTTCCTTCTCTCCTCTCCTTCTCTTTTTCTCTTCTCTCTCTCTCTCCTTCTCCTTTCCCTTCTTCTTCTTCTCCTTTTCTCCCTTCCTCC
+
11111111111111131101113131221100000111011A2121122110A11222AAA2121210001A12111001@2111101110>0/>00100011112111@01101011122221B##############################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13654:1674 2:Y:0:CTTGT
CTCCCTCCCCCTTCCTCTCTCTTCTTCTCCGCTTTTGTCCTTTTGCCTGTTCTCTCTCTCTTCCGCTTCTTTTACCTGTTTCCCTTCTCCCCTCTCCTCCCTCCCTTCGTCCCCCTCCTCTTTTCCTTTCTTCTTTCCTTTCTCTTCCTCTCTTCCTTTTTTCCTTTTCCTCTCCCCCCTCCTTTTTTTCTCCTCTCTTTCTCTTTTTCTCCTCCCTTTCCCCTTCTCCCCCTCCTCTTTTCCTTCTTTTT
+
11111111111111111101113131331100000110B122211111111B222AAAAAA2A1////A11A12A11111@2@1@@01B1>>0/B############################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16931:1688 2:Y:0:CTTGT
TTTCTCTCCTCTTCCTTTCTTTTTTTTTCCCCTTTTCTTTTTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTCCTTTTCCCCCTTTTTCCTTTTCTTTTTTTTCCTTTTCTTTTCTTTCCCTTTTTTTTTCCTCTCTTTCCTCTTTTTTTCTTCTTCTTTCCTTCTTCTCTCCTTTCCTTTTTTCTTTTTCTCCTTTCCCTCTTTCTTTTCCCTTTTCCTTTCCCTTTTTCTTTTTTTCTCCT
+
1111133111111111331333110000011000112111A1///01221111111@1@112111/011B110@#################################################################################################################################################################################
pipeline1/pipeline1.snake deleted 100644 → 0
+ 0
− 87
View file @ 52ce1e8c
#####################################
## USZ MelArray Snakemake pipeline ##
#####################################
#
#
# @author: Balazs Laurenczy (for Snakemake pipeline, original bash pipeline from Phil Cheng)
# @date: 2017
#
#
########
# INIT #
########
import os, logging
from timeit import default_timer as t
from datetime import datetime
# set up logging
logging.basicConfig(level = logging.INFO, format = '#%(asctime)s | %(levelname)-7s | %(filename)-20s: %(message)s')
logging.info('Starting MelArray Snakemake pipeline ...')
# get config parameters
# get the list of files to process
IDs, = glob_wildcards(IN_FOLDER + "{id}.fastq")
# check if IDs were not specified in config
IDs = config.get('ids', IDs)
if type(IDs) == str:
IDs = IDs.split(',')
#########
# RULES #
#########
rule all:
input:
expand(OUT_FOLDER + '{id}.bam', id = IDs)
run:
logging.info('Pipeline completed.')
rule step1:
input:
IN_FOLDER + '{id}.fastq'
output:
TMP_FOLDER + '{id}.sam'
shell:
'cat {input} > {output}'
rule step2:
input:
TMP_FOLDER + '{id}.sam'
output:
OUT_FOLDER + '{id}.bam'
shell:
'cat {input} > {output}'
onsuccess:
logging.info('Pipeline completed successfully.')
# check if reference folder exists
if not os.path.exists(REF_FOLDER):
exit('Cannot check validity of pipeline as there is no reference folder at path "{}". Aborting.'.format(REF_FOLDER))
MD5_CMD = "md5sum"
if sys.platform == 'darwin':
MD5_CMD = "md5"
# test if output folders are identical
shell('cd {OUT_FOLDER} && find . -regex ".*.bam" -type f -exec {MD5_CMD} {{}} \; | sort -k2 > content.md5')
try:
shell('diff {OUT_FOLDER}content.md5 {REF_FOLDER}content.md5')
logging.info('Pipeline is valid.'.format(REF_FOLDER))
except Exception:
logging.error('Some differences (see above) exist between the current pipeline\'s output ' +
'and the reference output at path "{}". Pipeline is *not* valid.'.format(REF_FOLDER))
onerror:
logging.info('Pipeline failed.')
pipeline1/ref_output/000001.bam deleted 100644 → 0
+ 0
− 40
View file @ 52ce1e8c
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18189:1574 1:Y:0:ATCAC
TTTTCCCTCCTTTCTTTCCCCTCCTTCCTCTTTTGCTTTCCACACCCCTTCTCTCTCCCCTTCTCTCTCCCCCCCCCTCTCCCCCTCTCTCTCCCCCTCTCTTTCCCCCCCTCTCTCCCCCTCTCTCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCCCCTCCCTCCTCCCTCCCCCCCCCTCTTCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCT
+
>11>>1BD1A1DA13BF31B1110B1101AD13111111BA21100///00A1211AAAA000112A110AA###################################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:14927:1801 1:Y:0:ATCAC
GTAGCCCTCCTTTACTTCCCGTGGTGAAGCTGGTGGAGTCTGCAGTGGTGGCAGCAGCAACCTTCGACACCGCAGCTAGCAATACCCTCCGGCCTGCCCCTGTTCTGTAAAACATACGCTAGAATGCTCAGATAAAGGACCCTAGGAGAAGGCACCCTGGGGCAAGCAGGTTGGCGAAGCTGAGTACAGACTCCCCAGACACAGTGCCAGGATAGGCCTGGCATTGGGGGGAGGGCACAGAGGGTAACCTC
+
1>11ADFFAAFFF11BFFAG?100FC111BF10B000ABFG1E21B10D//B0/EACF0BGGGGGACFEEF?E?E@G1BE1111BFFGFE//>>ECEEFFF/FGGGFG2222BEF1B0CF?/11F1FFGFFBF1111BBFCCG00010/00AEAFFCHB..-<-<CCGBE<D/-/?---@CF0:;0C000:9FFEFFB.9//9.00BC00..;9//99BA?A-;BBB--;---9-9AAB-B/AB9BFFFF#
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16028:1826 1:Y:0:ATCAC
TCTACCCTCCTTTAATTCCCCTGGTCCAACTGCAGCTGCCATCTCCCCTTAGAAGGCTTCCTACCGAGCCCTGACTTCATCCCCAGTTTCCCACTTCATTTACAACCCCGTGCCTCTTCCACTGGCACCCAAGAATCCTCCCCAGAAAACTCCACACCCCTCCCTCAGGCCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCTCCCCTTCCTCCCCCTCCCCCTTTTTCTCTTCCCTTTCTTCT
+
>111>@CFAAFFE13BFBBG1110BBE11AB0B11A01AF1DFG1A0/BB1B1A10ABAAAF2BF///AAFGF0BBF@EFE@?F0/@BFB@@1BBEB2B2B2B21B?A>/?//?B>>FFE1BB10/0B??F//00BB<B1<??0//0100<<11@1?A#############################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18682:1855 1:Y:0:ATCAC
ACACCCCTCCTTTAATTCCCGTAGTGAAGCTGGTGGAGTCTGCAACTCTATAGGTGGAACACCTATATGAACTAACCAGTACCCCCTGGAACCCTTGTGTCTAGCTGCACATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTGGGAACAGAGTCCTCTTGATCTTGCAAACTTTATATGCCCCAATAAAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAATGGGAGTGTGTGGGTAGGGGAGCAGGGCGAGGGGGTATN
+
A11>A>DAAAFFFG3FGA3F?000BAA3GCF10A0A00BBG11E1BBAF1ADA1FDEABB0BEGGGBGHBGFGF1ABDFHGFGGE@EFEBCCEAGF0FFGFGFDFGGFCHBF1G2FG2B11F1BDFBGF0CFGECECCHHFHHDBE/1/0F0F1@1>DGHB2<FGHFFBG1?FDF1?1@DDGGFC.FB111D?C.<<GB000.<A...:.//;0C.CAE?B0AA..CFEE?A?-AAFE@G<-;--@-;AF#
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13696:1865 1:Y:0:ATCAC
TATGCCCTCCTTTAATTCCCGTGGTGAAGCTGATGGAGTCTGCCTGCCTGGAGGGCTTCAGGCCAGCTCAGCAAGATTCCCCAAGGATGCTAAGTCTGCCATGTGCAGCTCTGAGGGTCTGGAATTCCCCAGCCCGGCCCTCACCCCAAAGGCCGTGGTCACACCAGCCCCTCCGCGGCGTTCATCCCATCCTCGCGACAAACGTCCAGGCTGCCCAGGGCCTTCGGGGCCTCCCCGGATGACTTTTCCGG
+
A1>>>BFFAAFFG13FGEAG1100A0111BF11B1100BBF1DBB100B1/00A/AFGBD11BB///FE10B1000BFEEDG0///011BF221B2B1FE1B1B2D21BGGG11B//?FG0011BFFFGC0/FFE//<CCHH0?@G@//000FG@</-.1111>A.0>FF<<AC.<----9:A/9;C90;CAB##########################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13674:1866 1:Y:0:ATCAC
CCTTCCCTCCTTTAATTCCCGTGGTGACGCTGATGGAGTCGGCATGATGCTTGTTGGCCAGCTCAACACGTTTGCAACCTAGGTCCATGGTAGATCCTGGGAACCTTATAACAGCGCTTTTCCCAGGTACAGTAGGTATAGACGCTAAGTGTTCTTGCCGACACACATTTTTATGCACAAAAATGTAAGCTCTTTATACAACTCTTTATACTGGACTTCTTAAGGATGGCAATAATTCTGGAACTTTGTNN
+
>1>>>BFFFAFFF13BFEDG110AF011AAB00B1100BAA/A/A01D21BF1FG0AGAC/AGG11F1FAGHF?D21BFG11>FGF1210F211BFGF10/01??FG1B22111B//FEFHHDE11/BGD12B2>1FDF2B2</<C?/1FBFH2?G1<?//<-<0C.FGHHH.F000<0/...<DD000<DFGGG0;0:00/;:CGH0;0;C0B/9BFGGF00000:;.//0;00;FFFF0099;FFEF00
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:12099:1882 1:Y:0:ATCAC
CTTCCCCTCCTTTCATTCCCCTGGTGCAGCTGATGGAGTCGATGCTTCTCCCCAGAGCCTCTCTGCCCCTAGCATCCCTGGTTTACTTTGCCTGAGCCTAACTAAGCTCTGTGAAGAAATCATCTGAGTGAATCCCTGTTCCTAACTCAGCTGTGGGCTCAGGGTAGTTACTTAATAGATACGGTCTGGAATAACGAGCAATGCCCTGCGTTCCATGGTAGACGTAGCTACAGTCTGTATAGGTCTCACAT
+
>1>1A>FFAAFFF13BF33B1100BB1AAAE111110ABB00AF/A21B11BBF///B0FFEAFB1AABF/EF1FE0/F1/BB01@BDG1BB11001>F110B1110@1B1B2221100BB1BEB121B11221BB11BF>FE21B>F11111B00/?0?100@F0/FD22@FD1111111</?FEA################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15290:1889 1:Y:0:ATCAC
ACGGCCCTCCTTTAATTCCCCAGGTCCAGCTGCAGCAGTCATGGAGGCAGTGAGGAGCATGACACCATCATCATGGCCAGCAAAGGCATGGCCAGGGACAGGACCCGTGCGGGGGTGGGGCAACCGCAGGAGAGATGGACAGATGTCTGTCCCTGGACCTCAGTCCCCTTCCTGTTTTGGGATGCACAGTGAACACACTGGTAAGCTGCTGCAGGCGTTAATTCAGGGGCTGCAAAGGCAACTTGGGTTGG
+
1>1>AADAAAFFG13FGEDGC00AGHHCHFG1F0BA0AFH1DDB1C/A//BF1B01/F/BG1B1B/ABEFGFBGBEFEGC/0010B?>E00B>1////?///0?FE@E///@///<--<-<-.<C----:CC.EAGCG/:0E/99CBBBFFFFB0A/;BCF//;BFFAFGFFFFFFBF#########################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16520:1895 1:Y:0:ATCAC
ACCGCCCTCCTTTATTTCCCCTGGTTCAACTGCTGCTGTCAACTGGCTTGTTTCAGGGCTATATTTATTCATAGTCAGTATTCACTTTTTTCTTTCTGCATTTTTATCTGAGCACCAGCAAGGTCCCTTCCCCTCCCTGGAAAATCTAAATGGCTACTCTGATACTGGGTTTGTGCTTAGTAAAACTAGCTGCAACTTGAAGAGGAAGCAGGCATCTACTCAGTCTTCTTGTGTTGGGACTGGAAGGGGCN
+
A11>A1DD1AFF313BGB3G0000BFDGB1D0A11A1BAFFHGF00/0A/AFE22210/00B2FH22DGA2D22FG21FBBF2DFFGGGHGGHFGDFFF2FGHGHEH2GG2111F/00>000/B1>BFGC>>FGAECGFE0110BBFG1BFG1FF10GHGF1@@FGFEAG<AC00<<F1?<1?111F1>BF1101<<GD11=0.C./<C//<..:;GF0GC0:CFCGGCHFCBCGEE@.AFE?########
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15708:1907 1:Y:0:ATCAC
CGTGCCCTCCTTTAATTCCCGAGGTTCAGCTTCAGCAGTCTCCAGAAAGACACCTGCCTGGGATGGAAGAAAGGCACCTGCCCTGGGTGCTACAATGGATGAATGTGTGATAGAAGGATGGGAAGAATGGAGAATCCAGTGGAGATGCAGAAGAGAAAGTGAAGCCTAGAGTTCATACAATGTGGAGAAAGGTGTAACTAGAGACACACAGCAGCAAGGAACAGACAGATGGGAGGAGGTTCTGACCCTNN
+
AAAAAAFFAAFFG13FGFFGF00EEHHHHHGHH11E1GGHHHHFE10110ABGEGGFHG1F/0FFECEGFCAF0GFGGHFHHHGHEEHEEHBGB1GHH1F1BGGHHFGH1FF2D11EAGFEH01E0BFFHHHFCGHHFFHHFFA1GGHGH10@1FGFBCGB@2?FHHHFHEFGH1GFHH<GFGHB<FE01FF<<DFGFHHH0CBGBGF?CAG/CG.C:..CFGB/FFGBFGE?F.@BGGGGGGGEFGGGB;
pipeline1/ref_output/000002.bam deleted 100644 → 0
+ 0
− 40
View file @ 52ce1e8c
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18189:1574 2:Y:0:ATCAC
TTTCTCTCCTTTTCCCTTTTCTTTTTTTCCCCCTTTTTCCTTTTCCCTTTCCTTTTTTCTTCTTTCTTTTCTCCTCTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTCTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTCTTCTTTTTTTTCTTCTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTCTCTTTTTTTTCTTCTTCTCTTTTTCTCCTTTTTCTTTCTTCTCTTTCCTCTTCTCTTTCTTCTTTTTCTTTTTTCTTCCTTTTT
+
111113311113131111113133110A0110000A110112A################################################################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:14927:1801 2:Y:0:ATCAC
TATTGAGGAGAGTGAGTGAGCAAGGGATACACTGTTGGGGTATGAGGTCGTTGAGTGAGATTACAAGTAGGCAGCTGTCCTGGACACTGAGGTTACCCTCTGTGCCCTCCCCCCAATGCCCGGCCTATCCTGGCACTTTGTCTGGGGCGTCTGTACTCAGCTTCGCCACCCTGCTTGCCCCCGGGTGCCTTCTCCTATGGTCCTTTCTCTGAGCATTCTCGCGTTTGTTTTACAGTACCGGGCCAGGCCGG
+
11>>131111111A1111111100000B011AD12D1000A/11210BBAAA0/1BB111AB1B111D2B111/>F1FEFE100010B111/BFB1@>FGG1B21B>GGAEAA@//01<<0///<?0BB<D1000@@@D1@2F100//-<><.<0=GG00/0<G#######################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16028:1826 2:Y:0:ATCAC
TTTCGCGGACATCGCGTTCGCCCCTTATGGTCCTTTGTGGCTCTCCTCTTCCCGTCTGTTCCTCGGCTATCCCTGGTTGTTTTCTTTTAGGCTAGCCTCCCTTTGGGGACCTCCCTGTCTCTCTTGTTGCTGTTCACTCACGCCCCGTCCTCCTCTAATGCCTGTTTCTCCTGCTTTCTTTCTTCCTTACTTTCTCCTCCCCTCCTTCCCCTTTTTTCCCTCCTCTCTGCCCTTCTCCTCCCCCTCTTCCC
+
111111111001100000000////01D1122A12A120//A1AA01011A10//>B/1222D############################################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18682:1855 2:Y:0:ATCAC
TGCAGAGGAGAGAGAGTGAGCAGGGGATGGACCGATGGGGAGATGGCTTAATAATTAGAAGCACACACTGCTTTCTTGCGGTGGACTTGAATTCAGATTTCTTACACATGTTGGACGGCTCGCAACCACCTGTAACTCCAGTTTACGGGAATCTGGCGCCATCTTCTGGAAGCTAGGAGTACTGCATGACTGTGTACATACGTACACGATATAAATTTAAAAGTTTTTTTCAATTTTTTATTAGATATTTT
+
111>>111B>11111111111100000B00010//AA//////B1100F11D222D2112111B0F/AGB1D@FEEE11//////1@B111BBB122BFGHGFBF1E1B1BB2/11///<<///?@CA//<0?111?<<11<>FB1..-.-<<DDDCC.<.:::FFF000//.:00.0/:/9;000;00990909090900.00..9:-..-;0/::B9////:99FE@@B9//BBFB@EFF///://BFF
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13696:1865 2:Y:0:ATCAC
TCTGGAGGCGCTAGCGCTCCCTTCTGCTAGGCTTCTGTGTTTTCCCTTTGCCACTCCTTCCCTTGCCCCGCATTGTCTTGTCCTGTCTTAAGCTTCCTCCCCACCTCTCAGTACCTTACCACTCAGATATTTCTCTCTTCTCAGCCTTTGCTTCCCGGCTGCTTTCTCTTCCCCTCTTTCCCTCTCTCTCCCCCTGCCCCCTGCCCTCTCAACCCCTCTTGCTCCGTCCGCCTCTCTTTCGCCCGCGGCGN
+
111>11111111001000000010111D110AA00B1222A002B1BBA11111B0BA1BB0B10AB1//>///1B@221B1B21@1222211BF1111>?/0>/0B1B1212<1>111B11B00112122>>>2BBBDD>G221<@111>>>1?################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13674:1866 2:Y:0:ATCAC
CAGGGCGGAGCGTGCGTGCTCAGGGGATAGGCCGTTGGGGTACACCTTGTATCTCGGCCGATACTCCAGGCCCTTTTTTTTTTTCACCTGGTCCTTTACCTGCTCTATGGCACGCACGTCTTTGTGGCGCCTGTTTCTTCATTTCTCCTGTGGGAAGGAAACGACTCAGTGAAATAGCTGTCCTAGGGAACTTACAGGCCATAGTTGGTCTCTTTGGGGAGCCAGGGCCATGATTCTAAACCCATCTGAAN
+
111>>1100000000/////11000///01011//A/0////11@>F1EF1@2@20/>?//>/>FE1110??/?B1BFEC//</<1?1?00?<?G1?1<<F10<FF#################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:12099:1882 2:Y:0:ATCAC
TCGTGCGGAGCGTGTGTGTGCCCCGGATACCCAGTTGTTGTCTGCTCTGGTGTAGGCTACTCCAGCCAGAGTCTGTTGTATCTTTTTTAACCTCTTCCTGGGGTGCTACCTATTTGTTGTTCTTTGCACTTTTGTTTCCCTGAGTTCTTTTCTTCATCTTCCTTGTTATCTTCTGTCCCTGCCTCCCCTTTTTCCTGTTTCCCCTCCTCCCTCCGTGCTGGATTCGGTGTTCGGCTGTATCACTTGTGTTT
+
111>>1>11110000A000011000//B/1111/1B11/0012111111110/11111@0111110/000/11111@1>12222211>?111>B1111110//<//B21<B11B22>00B<121B11211111100022@1100??1111?1111?###############################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15290:1889 2:Y:0:ATCAC
CGGGGAGGCGCGAGCGCGCTCAGGGGATAGGCCGCTGTGGTTTCTCACAGCTATTTACAGCTTCTCTTTTGAGAGGGTCTCCTGTTTCCCCGGCTGGCCTCCCCCTGGTTTCCGCCCTGTCTTACCTTGCTTTCCTTCTTTCTCCCTCTTCTTCCCCAGTCAGGGCCTCCCCCTTTGTTCCTCCCCCTCTTTTTTCTTCGTTGCTGGGTTGGCTCTCCGGGCTTCCGCCTCTGGGTTCCCCCTGCCCTCTG
+
1111>111100>0000//////000//BB1011//>//000/012B2111/@1B@F22211B1BFF2EFGB####################################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16520:1895 2:Y:0:ATCAC
TTGCGAGGATATCGTGTTTTCTGTTGTTGTGCTGTTGTCGTGTTGCAATACTCTGTCTCGTTATGGCTTTAGTACTGTACTTCCCTCTTATCCACTGGTGCTTAATTGTTGCTGCTTCCCTCCAACACAGTGCTTCTAGACCCTCTGTTCCTCCAGGACTCTTCTGTTCTTCCACCTGTTCAGTCTTTCATATTTTTCTCTCCTTTACACACTCACCACGTCAGTCTTCTTTTCCAATTGCACTCTGCAGT
+
111111>111@31A1B00003133310B0001211B1A1/A//0/11121121D122220///AB1/0BF1B12222222D2110B>0112B12B@10@0BFG2122@@@01@B111110BB/011///0111211B222<1/F/B122>2B1<B10//<<11121222@12111000?11111<1<1?1=1<>1<F######################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15708:1907 2:Y:0:ATCAC
CGGGGAGGAGCGAGCGAGAGCCGGGGATAGGCCGTTGGGGGCAGTGAGCAGGATGTAAAGTGAATAAGTATAAACAAACACACATGCAAACAAATAAATAATACAGTTAAATAAAACATAAAACAAAGGGTAACCTTTGCACAGTGCATAAAATCATTATGCCTACAGACATCTACATGGTGTCCAGCAGCAGCCCCGCCCACCGCCCTCCACTTGGCCTTTGGTGGTAACAGACTTTGACACAGTTACCC
+
1>1>>AAD1>100A0A000000///AEECC011//B/0//////>111110//FGHB222B>2B2F1FBGHB>2F1/0/00/?/11111BBB/FG111B2FGG11?FG222?2<111<?1111?</<?C??001>GHHBFHGF<G1<0==<0<DGFF00=000<DC/0;./;CBG;0;0/00:C###################################################################
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+ 0
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