diff --git a/MelArray/other/original_bash_scripts/Mel_3_HC_170228.sh b/MelArray/other/original_bash_scripts/Mel_3_HC_170228.sh
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..5770e2971a0a84cdd3160ff9323b8fe7a19a873b
--- /dev/null
+++ b/MelArray/other/original_bash_scripts/Mel_3_HC_170228.sh
@@ -0,0 +1,62 @@
+#!/bin/bash
+rg_dir6=`echo Haplotype_Caller`
+mkdir -p "$rg_dir6"
+
+foo9 () {
+local i=$1
+NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam/\1/'`;
+	java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/GATK_3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T HaplotypeCaller -R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta -I ${i} --emitRefConfidence GVCF --variant_index_type LINEAR --variant_index_parameter 128000 -o ${NAME}_raw.g.vcf --dbsnp /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz
+	}
+	
+export -f foo9
+
+for i in *sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam
+do
+sem -j 32 foo9 "$i"
+done
+sem --wait
+
+ls *.g.vcf > vcf.list
+
+java -Xmx30g -jar /data/Phil/software/GATK_3.7/GenomeAnalysisTK.jar \
+-R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta \
+-T GenotypeGVCFs \
+-V vcf.list \
+--dbsnp /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz \
+-nt 8 \
+-o output.vcf
+
+java -Xmx32g -jar /data/Phil/software/GATK_3.7/GenomeAnalysisTK.jar \
+-T VariantRecalibrator \
+-R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta \
+-nt 8 -input output.vcf -recalFile melarray_snv.recal -tranchesFile melarray_snv.tranches \
+-resource:hapmap,known=false,training=true,truth=true,prior=15.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/hapmap_3.3.hg19.sites.vcf.gz \
+-resource:omni,known=false,training=true,truth=true,prior=12.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/1000G_omni2.5.hg19.sites.vcf.gz \
+-resource:1000G,known=false,training=true,truth=false,prior=10.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg19.sites.vcf.gz \
+-resource:dbsnp,known=true,training=false,truth=false,prior=2.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz \
+-an QD -an MQ -an MQRankSum -an ReadPosRankSum -an FS -an SOR -an DP -mode SNP
+
+java -Xmx32g -jar /data/Phil/software/GATK_3.7/GenomeAnalysisTK.jar \
+-T ApplyRecalibration \
+-R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta \
+-input output.vcf --ts_filter_level 99.5 -tranchesFile melarray_snv.tranches -recalFile melarray_snv.recal -mode SNP -o melarray_snv_recal.vcf
+
+java -Xmx32g -jar /data/Phil/software/GATK_3.7/GenomeAnalysisTK.jar \
+-T VariantRecalibrator \
+-R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta \
+--maxGaussians 4 \
+-resource:mills,known=false,training=true,truth=true,prior=12.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.sites.vcf.gz \
+-resource:dbsnp,known=true,training=false,truth=false,prior=2.0 /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz \
+-an QD -an MQ -an MQRankSum -an ReadPosRankSum -an FS -an SOR -an DP -mode INDEL -nt 8 \
+-input melarray_snv_recal.vcf -recalFile melarray_indel.recal -tranchesFile melarray_indel.tranches
+
+java -Xmx32g -jar /data/Phil/software/GATK_3.7/GenomeAnalysisTK.jar \
+-T ApplyRecalibration \
+-R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta \
+-input melarray_snv_recal.vcf --ts_filter_level 90.0 -tranchesFile melarray_indel.tranches -recalFile melarray_indel.recal -mode INDEL -o melarray_snv_indel_recal.vcf
+
+mv *.g.vcf Haplotype_Caller
+mv *.g.vcf.idx Haplotype_Caller
+mv *.vcf HaplotypeCaller/Merge
+mv *.recal HaplotypeCaller/VQSR
+mv *.tranches HaplotypeCaller/VQSR
diff --git a/MelArray/other/run_times/20170524_015400_rules_timing.png b/MelArray/other/run_times/20170524_015400_rules_timing.png
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..9b95100896bd40b038072a6996ce8cfa0632b7c0
Binary files /dev/null and b/MelArray/other/run_times/20170524_015400_rules_timing.png differ
diff --git a/MelArray/other/run_times/20170524_015400_samples_timing.png b/MelArray/other/run_times/20170524_015400_samples_timing.png
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..3693740fb69eba57704836411bf4aa3cd1528f5a
Binary files /dev/null and b/MelArray/other/run_times/20170524_015400_samples_timing.png differ
diff --git a/MelArray/scripts/parse_qsubs_times.py b/MelArray/scripts/parse_qsubs_times.py
index abdd46cbb54f2baf6bd4871a6acc8053def9250a..621a166ce6fadda7c3b77ed15d4c81378879bc3c 100644
--- a/MelArray/scripts/parse_qsubs_times.py
+++ b/MelArray/scripts/parse_qsubs_times.py
@@ -4,8 +4,8 @@ import random
 import datetime as dt
 import matplotlib.pyplot as plt
 
-save_path = '/Users/bal/SIS/USZ/MelArray/other/run_times/20170518_160300_'
-qsubs_file_path = "/data/USZ/data/old_runs/20170518_160300_all_reads_hg19_usz_derm/qsubs.txt"
+save_path = '/Users/bal/SIS/USZ/MelArray/other/run_times/20170524_015400_'
+qsubs_file_path = "/data/USZ/data/old_runs/20170524_015400_v06/qsubs.txt"
 
 
 rules = []
@@ -18,6 +18,11 @@ with open(qsubs_file_path) as qsubs_file:
     n = 0
     for line in qsubs_file:
         line = line[:-1]
+        if re.match('^-- rename', line):
+            qsubs_file.readline()
+            qsubs_file.readline()
+            continue
+
         # print(str(i) + ': "' + line + '"')
         if i == 0:
             m = re.match('^-- (\w+)_(\w+) +--$', line)
diff --git a/pipeline1/Mel_1_skewer_170228.txt b/pipeline1/Mel_1_skewer_170228.txt
deleted file mode 100644
index b830a9b447a7f83375d2ae2048fc3e37b9cd1c2a..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/pipeline1/Mel_1_skewer_170228.txt
+++ /dev/null
@@ -1,20 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-rg_dir=`echo 2_skewer`
-mkdir -p "$rg_dir"
-
-foo () {
-local i=$1
-	OUTPUT_DIR=`echo ./2_skewer`
-	SAMPLE=`echo $i | sed 's/\(.*\)_R1.fastq.gz/\1/'`;
-	NAME=`echo $i | sed 's/[0-9]*.A-\([A-Za-z0-9-]*\)_[A-Za-z0-9_]*_R1.fastq.gz/\1/'`;
-	#echo ${i}
-	#echo ${SAMPLE}_R2.fastq.gz
-	#echo ${NAME}_R2.fastq.gz
-	skewer -t 32 -m pe -q 20 -z ${i} ${SAMPLE}_R2.fastq.gz -o ${NAME}
-}
-
-for i in *R1.fastq.gz
-do foo "$i" 
-done
-
-mv *trimmed* ./2_skewer
diff --git a/pipeline1/Mel_2_bwa_GATK_170228.txt b/pipeline1/Mel_2_bwa_GATK_170228.txt
deleted file mode 100644
index 3bb858345fe0898337256dd17a04db4c8991bf51..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/pipeline1/Mel_2_bwa_GATK_170228.txt
+++ /dev/null
@@ -1,153 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-rg_dir=`echo 3_bwamem`
-mkdir -p "$rg_dir"
-
-foo () {
-local i=$1
-	OUTPUT_DIR=`echo ./3_bwamem`
-	#OUTPUT_DIR2=`echo ./GATK_RNA_dedup/`
-	
-	SAMPLE=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9]*\)-trimmed-pair1.fastq.gz/\1/'`;
-	#NAME=`echo $i | sed 's/[0-9]*.[A-Z]-\([A-Za-z0-9-]*\)_R1.fastq-trimmed-pair1.fastq.gz/\1/'`;
-	#dir = `echo pwd`
-	#echo ${SAMPLE}
-	#echo $NAME
-	#echo ${i}
-	#echo ./${SAMPLE}_R1.fastq-trimmed-pair2.fastq.gz
-	bwa mem -t 16 -M -R "@RG\tID:Melanoma\tLB:Melarray\tSM:${SAMPLE}\tPL:ILLUMINA\tPU:HiSEQ4000" /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta ./${i} ./${SAMPLE}-trimmed-pair2.fastq.gz | java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/picard-tools-2.4.1/picard.jar SortSam I=/dev/stdin O=${SAMPLE}_sorted.bam  CREATE_INDEX=true VALIDATION_STRINGENCY=SILENT SO=coordinate
-}
-export -f foo
-
-for i in *-trimmed-pair1.fastq.gz
-do
-sem -j 1 foo "$i"
-done
-sem --wait
-
-rg_dir2=`echo 4_dedup`
-mkdir -p "$rg_dir2"
-
-foo2 () {
-local i=$1
-	#OUTPUT_DIR=`echo 4_dedup/`
-	#OUTPUT_DIR2=`echo ./GATK_RNA_dedup/`
-	NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted.bam/\1/'`;
-	echo ${NAME}
-	java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/picard-tools-2.4.1/picard.jar MarkDuplicates I=${i} O=${NAME}_sorted_dedup.bam  M=${NAME}_metrics.txt
-}
-export -f foo2
-
-for i in *sorted.bam
-do
-sem -j 16 --id dedup foo2 "$i"
-done
-sem --wait --id dedup
-
-rg_dir3=`echo 5_fixmate`
-mkdir -p "$rg_dir3"
-
-foo3 () {
-local i=$1
-	OUTPUT_DIR=`echo ./5_fixmate/`
-	#OUTPUT_DIR2=`echo ./GATK_RNA_dedup/`
-	NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup.bam/\1/'`;
-	echo ${NAME}
-	java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/picard-tools-2.4.1/picard.jar FixMateInformation VALIDATION_STRINGENCY=SILENT CREATE_INDEX=true SORT_ORDER=coordinate I=${i} O=${NAME}_sorted_dedup_fixmate.bam 
-}
-export -f foo3
-for i in *sorted_dedup.bam
-do
-sem -j 16 --id fixmate foo3 "$i"
-done
-sem --wait --id fixmate
-
-rg_dir4=`echo 6_bqsr`
-mkdir -p "$rg_dir4"
-
-foo4 () {
-local i=$1
-	NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate.bam/\1/'`;
-	echo ${NAME}
-	java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/GATK_3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T BaseRecalibrator -R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta -I ${i} -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz  -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.sites.vcf.gz -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg19.sites.vcf.gz -L 151127_out.bed --interval_padding 100 -o ${NAME}_recal_data.table 
-}
-export -f foo4
-
-for i in *sorted_dedup_fixmate.bam
-do
-sem -j 16 foo4 "$i"
-done
-sem --wait
-
-foo5 () {
-local i=$1
-	NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate.bam/\1/'`;
-	java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/GATK_3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T BaseRecalibrator -R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta -I ${i} -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/dbsnp_138.hg19.vcf.gz  -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.sites.vcf.gz -knownSites /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg19.sites.vcf.gz -L 151127_out.bed --interval_padding 100 -BQSR ${NAME}_recal_data.table -o ${NAME}_post_recal_data.table 
-
-}
-export -f foo5
-for i in *sorted_dedup_fixmate.bam
-do
-sem -j 16 foo5 "$i"
-done
-sem --wait
-
-foo6 () {
-local i=$1
-	NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate.bam/\1/'`;
-	java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/GATK_3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T AnalyzeCovariates -R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta -before ${NAME}_recal_data.table -after ${NAME}_post_recal_data.table -plots ${NAME}_recalibration_plots.pdf
-}
-export -f foo6
-for i in *sorted_dedup_fixmate.bam
-do
-sem -j 16 foo6 "$i" 
-done
-sem --wait
-
-foo7 () {
-local i=$1
-	OUTPUT_DIR=`echo GATK_BQSR/`
-	NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate.bam/\1/'`;
-	java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/GATK_3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R /data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta -I ${i} -BQSR ${NAME}_recal_data.table -o ${NAME}_sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam 
-}
-export -f foo7
-for i in *sorted_dedup_fixmate.bam
-do
-sem -j 16 foo7 "$i"
-done
-sem --wait
-
-rg_dir5=`echo QC_reports`
-mkdir -p "$rg_dir5"
-
-foo8 () {
-local i=$1
-NAME=`echo $i | sed 's/\([A-Za-z0-9-]*\)_sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam/\1/'`;
-	java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/picard-tools-2.4.1/picard.jar CollectHsMetrics I=${i} O=${NAME}_hs_metrics.txt  R=/data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta BAIT_INTERVALS=melarray.interval_list TARGET_INTERVALS=melarray.interval_list
-	java -Xmx16G -jar /data/Phil/software/picard-tools-2.4.1/picard.jar CollectAlignmentSummaryMetrics I=${i} O=${NAME}_aln_metrics.txt R=/data/Phil/ref_phil/GATK_resource/hg19/ucsc.hg19.fasta
-	}
-	
-export -f foo8
-
-for i in *sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam
-do
-sem -j 32 foo8 "$i"
-done
-sem --wait
-	
-mv *sorted.bam 3_bwamem
-mv *sorted.bai 3_bwamem
-
-mv *metrics.txt 4_dedup
-mv *sorted_dedup.bam 4_dedup
-
-mv *sorted_dedup_fixmate.bam 5_fixmate
-mv *sorted_dedup_fixmate.bai 5_fixmate
-
-mv *.table 6_bqsr
-mv *plots.pdf 6_bqsr
-mv *sorted_dedup_fixmate_bqsr.bam 6_bqsr
-mv *sorted_dedup_fixmate_bqsr.bai 6_bqsr
-
-mv *pcr_metrics.txt QC_reports
-mv *aln_metrics.txt QC_reports
-mv *hs_metrics.txt QC_reports
diff --git a/pipeline1/dag.png b/pipeline1/dag.png
deleted file mode 100644
index d46adae2e744f4778a03804a9ea85ee57f112e85..0000000000000000000000000000000000000000
Binary files a/pipeline1/dag.png and /dev/null differ
diff --git a/pipeline1/dag_partial.png b/pipeline1/dag_partial.png
deleted file mode 100644
index 5d4d50d5a8bfc53d9e59807ef18272f406ee6fac..0000000000000000000000000000000000000000
Binary files a/pipeline1/dag_partial.png and /dev/null differ
diff --git a/pipeline1/input/000001.fastq b/pipeline1/input/000001.fastq
deleted file mode 100644
index 018397d445b324cf7fa585b9eae196b69b6d1e14..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/pipeline1/input/000001.fastq
+++ /dev/null
@@ -1,40 +0,0 @@
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18189:1574 1:Y:0:ATCAC
-TTTTCCCTCCTTTCTTTCCCCTCCTTCCTCTTTTGCTTTCCACACCCCTTCTCTCTCCCCTTCTCTCTCCCCCCCCCTCTCCCCCTCTCTCTCCCCCTCTCTTTCCCCCCCTCTCTCCCCCTCTCTCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCCCCTCCCTCCTCCCTCCCCCCCCCTCTTCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCT
-+
->11>>1BD1A1DA13BF31B1110B1101AD13111111BA21100///00A1211AAAA000112A110AA###################################################################################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:14927:1801 1:Y:0:ATCAC
-GTAGCCCTCCTTTACTTCCCGTGGTGAAGCTGGTGGAGTCTGCAGTGGTGGCAGCAGCAACCTTCGACACCGCAGCTAGCAATACCCTCCGGCCTGCCCCTGTTCTGTAAAACATACGCTAGAATGCTCAGATAAAGGACCCTAGGAGAAGGCACCCTGGGGCAAGCAGGTTGGCGAAGCTGAGTACAGACTCCCCAGACACAGTGCCAGGATAGGCCTGGCATTGGGGGGAGGGCACAGAGGGTAACCTC
-+
-1>11ADFFAAFFF11BFFAG?100FC111BF10B000ABFG1E21B10D//B0/EACF0BGGGGGACFEEF?E?E@G1BE1111BFFGFE//>>ECEEFFF/FGGGFG2222BEF1B0CF?/11F1FFGFFBF1111BBFCCG00010/00AEAFFCHB..-<-<CCGBE<D/-/?---@CF0:;0C000:9FFEFFB.9//9.00BC00..;9//99BA?A-;BBB--;---9-9AAB-B/AB9BFFFF#
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16028:1826 1:Y:0:ATCAC
-TCTACCCTCCTTTAATTCCCCTGGTCCAACTGCAGCTGCCATCTCCCCTTAGAAGGCTTCCTACCGAGCCCTGACTTCATCCCCAGTTTCCCACTTCATTTACAACCCCGTGCCTCTTCCACTGGCACCCAAGAATCCTCCCCAGAAAACTCCACACCCCTCCCTCAGGCCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCTCCCCTTCCTCCCCCTCCCCCTTTTTCTCTTCCCTTTCTTCT
-+
->111>@CFAAFFE13BFBBG1110BBE11AB0B11A01AF1DFG1A0/BB1B1A10ABAAAF2BF///AAFGF0BBF@EFE@?F0/@BFB@@1BBEB2B2B2B21B?A>/?//?B>>FFE1BB10/0B??F//00BB<B1<??0//0100<<11@1?A#############################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18682:1855 1:Y:0:ATCAC
-ACACCCCTCCTTTAATTCCCGTAGTGAAGCTGGTGGAGTCTGCAACTCTATAGGTGGAACACCTATATGAACTAACCAGTACCCCCTGGAACCCTTGTGTCTAGCTGCACATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTGGGAACAGAGTCCTCTTGATCTTGCAAACTTTATATGCCCCAATAAAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAATGGGAGTGTGTGGGTAGGGGAGCAGGGCGAGGGGGTATN
-+
-A11>A>DAAAFFFG3FGA3F?000BAA3GCF10A0A00BBG11E1BBAF1ADA1FDEABB0BEGGGBGHBGFGF1ABDFHGFGGE@EFEBCCEAGF0FFGFGFDFGGFCHBF1G2FG2B11F1BDFBGF0CFGECECCHHFHHDBE/1/0F0F1@1>DGHB2<FGHFFBG1?FDF1?1@DDGGFC.FB111D?C.<<GB000.<A...:.//;0C.CAE?B0AA..CFEE?A?-AAFE@G<-;--@-;AF#
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13696:1865 1:Y:0:ATCAC
-TATGCCCTCCTTTAATTCCCGTGGTGAAGCTGATGGAGTCTGCCTGCCTGGAGGGCTTCAGGCCAGCTCAGCAAGATTCCCCAAGGATGCTAAGTCTGCCATGTGCAGCTCTGAGGGTCTGGAATTCCCCAGCCCGGCCCTCACCCCAAAGGCCGTGGTCACACCAGCCCCTCCGCGGCGTTCATCCCATCCTCGCGACAAACGTCCAGGCTGCCCAGGGCCTTCGGGGCCTCCCCGGATGACTTTTCCGG
-+
-A1>>>BFFAAFFG13FGEAG1100A0111BF11B1100BBF1DBB100B1/00A/AFGBD11BB///FE10B1000BFEEDG0///011BF221B2B1FE1B1B2D21BGGG11B//?FG0011BFFFGC0/FFE//<CCHH0?@G@//000FG@</-.1111>A.0>FF<<AC.<----9:A/9;C90;CAB##########################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13674:1866 1:Y:0:ATCAC
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-TTTTTCTCCCCTTCCCTTTTTCTCTTCTCCCCCTTTCTCCTTTTCCTCTTCCTCTCTCTCTTTTTTCTCTCTCTTCTTTTTCCCTTTTCCCCTCCTTTTCCTCTTTCTTTCTCTTTTTTTTTTTCCTCTCTCTTTCCTTTCCTTTCTCTTTCTTTTTTTCTCTTCTTCCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTCCTCCCTCTCCTTTTCCTTTCCTTTTTTTTCCTTTTCCTTCCTCCTCTCCTCTTCTCTT
-+
-11111113B1111111111111133A131100000112211121211111111110111112111/01221A112121111011@######################################################################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:14713:1404 2:Y:0:CTTGT
-CTTTTCTCCTCTTCCTTTTTCCTCTTCTCCCCCTTTTTCTTTTTTTTTTTCCTTTCTCTTTTTTTCCTCTTTCTCTTTTTTCCCTTTCCCCCTTTTCCCCTTTCCCCTCTTTTCTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCCTCTTTTTTCTTCTTCTTCTTTTCCTTTTCTTCTTTCTTTTTCTTTTTTTCTCCCTTCTTTTTTCCCCTTTCCTTCTTCTTCTTTTTTTCCTCTTTTTTCCCTTTCT
-+
-11111313@##################################################################################################################################################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16120:1479 2:Y:0:CTTGT
-TTTTTCCTCTTTTCCTTTCTCCTCTTCTCCCCCTTTTTCTTTTTTTTCTTTCTTCCTCTCTCCTTTCTCTTTCTCCCTTTTCCCTTTCCCCCTTTCCTCTTTCCCCCCCTCCCTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTCCCTTTCTCTTCTCCTCTTTTTCTTTTCTTTTCCTTTTCTTCTCTTCTTTTCTTCTCTTCTCTTTTCTTCTTTCTCCTCCCTTTCTCTCTCTCTCCTTTCTTTTTTCCCTCTTTCT
-+
-11111>13B1131313331331111A131100000111011A11///01112B121B11011011212222A22210011@##########################################################################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15550:1480 2:Y:0:CTTGT
-TTTTCCTCCTCTTCCTTTTTCCTCTTCTCCCCTTTTTTCTTTTTTCTTTTCCTTTCTCTCTCCTTCTTCTTTCTCCTTCTTCCCTTTCCCCCTTTTCTCCTCTTCTCCTCCCTCTCCCCCCTCTCTTTCTCTTTTCTTCTTTTCTTTCTCCTCTTTCTTCTTTCTCCTCTTTTCCTTTTTCTTTTTCTTCTTTTCCTTTTCTCTCTTCTTCCTCTCTCCCCCCTTCTCTCTTTCTTCCTTCTTCTTTTCTC
-+
-11111131B11111113311113111131100001110011111/01111211221A2A111011111221122211111A##########################################################################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:17866:1538 2:Y:0:CTTGT
-TTTTTCTCCTCTTCCTTTCTCTTCTTCTCCCCTTTTTTCTTTTTTCTTTTCCTTTCTCTCTTTTTTTTCTTTTTCTTCTTTTCCTTTTCCCCCTTCTTCCTTTTCTTCCTTCCCTTTCCTTCTTTCTCCTCTTTCTTCTTTTTTTTCCTCCTCTCTCTTTCTTCTCCTCTCCTTCTTCTCTTTTCTCTTCTCTCTTTCTTCCCTCCCTCTCCCCTTCCCCTTCTCCTTCTCCTTCTTCTTCTTTTTCCCTC
-+
-11111113@1111111331333313A3A1100001110A111A1/0111121A221A2A112111///011111011221@@21@@21@1@################################################################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13823:1545 2:Y:0:CTTGT
-TCTTCCTTCTCTTCCTTCCTCTTTTTCTCCTCCTTTTTCCTTTTTTTTTTCCTTCCTCTCTTCTTCCTCTCTTTCCTTCTTCCCTTCTCCCCTTCCCTCCCCTTCCCCCTCTCTTCTTCCTTTTTTTTCCCTTTCCCTTTTTTTCTTCTCTTTCTCCTCCTTCCTCTTCCTTCTCCTTTCCTTTTTCTTCCTTTTCTTCTCCTTCTCTCTCTCTTTTCTCCCTCTCCCCTTCCCCTTGTCTTCCTCTTCTT
-+
-1111111311133111311111131A0131100013110112A110////01B210A1A012121211@10@2121121112101101110/00000@#########################################################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18123:1650 2:Y:0:CTTGT
-TCTTTCTCCTTTTCCTTTTTCTTCTTCTCCCCTTTTCTCTTTTTCTTCTTTCTTTCTCTCTTTTTTTTCTTTTTCCTTCTTCCCTTCTCCCCTTTCTTCTTTCTTCCTTCCCCTTCTTTCCTTTTCTCTCTCTCTCTTTTCCCTCTCTCTTTCCTCTTTTTTCTCCCTCTTCCTTTTTTTTTTTTCTTCTCTCTTCTTTTTTTCCTTTCTCCTCCTCTCTCTTCCTTTTCCTTCTGTTTTCTTCTCTTTTC
-+
-1111133311131313331111333A33110000113132211101122112A112A##################################################################################################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:12995:1651 2:Y:0:CTTGT
-TTCTCCCCCCTTTCCTCTCTCTTCTTCTCCCCCTTTTTCCTTTTCCTTTTTCTTTCTCTCTTCTCTCCCTTTTCCCTCTTTCCCTTCTCCCCTCTCCTCCTTCTTCCTCTCTCCTCTTTCTCTCTCCTCCTCTTCTTTCTCCTCTCCTCTCCCCCTTCTCCTTTCCTTCTCTCCTCTCCTTCTCTTTTTCTCTTCTCTCTCTCTCTCCTTCTCCTTTCCCTTCTTCTTCTTCTCCTTTTCTCCCTTCCTCC
-+
-11111111111111131101113131221100000111011A2121122110A11222AAA2121210001A12111001@2111101110>0/>00100011112111@01101011122221B##############################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13654:1674 2:Y:0:CTTGT
-CTCCCTCCCCCTTCCTCTCTCTTCTTCTCCGCTTTTGTCCTTTTGCCTGTTCTCTCTCTCTTCCGCTTCTTTTACCTGTTTCCCTTCTCCCCTCTCCTCCCTCCCTTCGTCCCCCTCCTCTTTTCCTTTCTTCTTTCCTTTCTCTTCCTCTCTTCCTTTTTTCCTTTTCCTCTCCCCCCTCCTTTTTTTCTCCTCTCTTTCTCTTTTTCTCCTCCCTTTCCCCTTCTCCCCCTCCTCTTTTCCTTCTTTTT
-+
-11111111111111111101113131331100000110B122211111111B222AAAAAA2A1////A11A12A11111@2@1@@01B1>>0/B############################################################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16931:1688 2:Y:0:CTTGT
-TTTCTCTCCTCTTCCTTTCTTTTTTTTTCCCCTTTTCTTTTTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTCCTTTTCCCCCTTTTTCCTTTTCTTTTTTTTCCTTTTCTTTTCTTTCCCTTTTTTTTTCCTCTCTTTCCTCTTTTTTTCTTCTTCTTTCCTTCTTCTCTCCTTTCCTTTTTTCTTTTTCTCCTTTCCCTCTTTCTTTTCCCTTTTCCTTTCCCTTTTTCTTTTTTTCTCCT
-+
-1111133111111111331333110000011000112111A1///01221111111@1@112111/011B110@#################################################################################################################################################################################
diff --git a/pipeline1/pipeline1.snake b/pipeline1/pipeline1.snake
deleted file mode 100644
index f5cf2c5fc69aa4e199eebd4d76ae76f3f8b334b6..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/pipeline1/pipeline1.snake
+++ /dev/null
@@ -1,87 +0,0 @@
-#####################################
-## USZ MelArray Snakemake pipeline ##
-#####################################
-#
-#
-# @author: Balazs Laurenczy (for Snakemake pipeline, original bash pipeline from Phil Cheng)
-# @date: 2017
-#
-#
-
-########
-# INIT #
-########
-
-import os, logging
-
-from timeit import default_timer as t
-from datetime import datetime
-
-# set up logging
-logging.basicConfig(level = logging.INFO, format = '#%(asctime)s | %(levelname)-7s | %(filename)-20s: %(message)s')
-
-logging.info('Starting MelArray Snakemake pipeline ...')
-
-# get config parameters
-
-# get the list of files to process
-IDs, = glob_wildcards(IN_FOLDER + "{id}.fastq")
-
-# check if IDs were not specified in config
-IDs = config.get('ids', IDs)
-if type(IDs) == str:
-    IDs = IDs.split(',')
-
-
-#########
-# RULES #
-#########
-
-rule all:
-    input:
-        expand(OUT_FOLDER + '{id}.bam', id = IDs)
-    run:
-        logging.info('Pipeline completed.')
-
-
-rule step1:
-    input:
-        IN_FOLDER + '{id}.fastq'
-    output:
-        TMP_FOLDER + '{id}.sam'
-    shell:
-        'cat {input} > {output}'
-
-
-rule step2:
-    input:
-        TMP_FOLDER + '{id}.sam'
-    output:
-        OUT_FOLDER + '{id}.bam'
-    shell:
-        'cat {input} > {output}'
-
-
-onsuccess:
-    logging.info('Pipeline completed successfully.')
-
-    # check if reference folder exists
-    if not os.path.exists(REF_FOLDER):
-        exit('Cannot check validity of pipeline as there is no reference folder at path "{}". Aborting.'.format(REF_FOLDER))
-
-    MD5_CMD = "md5sum"
-    if sys.platform == 'darwin':
-        MD5_CMD = "md5"
-
-    # test if output folders are identical
-    shell('cd {OUT_FOLDER} && find . -regex ".*.bam" -type f -exec {MD5_CMD} {{}} \; | sort -k2 > content.md5')
-    try:
-        shell('diff {OUT_FOLDER}content.md5 {REF_FOLDER}content.md5')
-        logging.info('Pipeline is valid.'.format(REF_FOLDER))
-    except Exception:
-        logging.error('Some differences (see above) exist between the current pipeline\'s output ' +
-            'and the reference output at path "{}". Pipeline is *not* valid.'.format(REF_FOLDER))
-
-onerror:
-    logging.info('Pipeline failed.')
-
diff --git a/pipeline1/ref_output/000001.bam b/pipeline1/ref_output/000001.bam
deleted file mode 100644
index 018397d445b324cf7fa585b9eae196b69b6d1e14..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/pipeline1/ref_output/000001.bam
+++ /dev/null
@@ -1,40 +0,0 @@
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18189:1574 1:Y:0:ATCAC
-TTTTCCCTCCTTTCTTTCCCCTCCTTCCTCTTTTGCTTTCCACACCCCTTCTCTCTCCCCTTCTCTCTCCCCCCCCCTCTCCCCCTCTCTCTCCCCCTCTCTTTCCCCCCCTCTCTCCCCCTCTCTCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCCCCTCCCTCCTCCCTCCCCCCCCCTCTTCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCT
-+
->11>>1BD1A1DA13BF31B1110B1101AD13111111BA21100///00A1211AAAA000112A110AA###################################################################################################################################################################################
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-GTAGCCCTCCTTTACTTCCCGTGGTGAAGCTGGTGGAGTCTGCAGTGGTGGCAGCAGCAACCTTCGACACCGCAGCTAGCAATACCCTCCGGCCTGCCCCTGTTCTGTAAAACATACGCTAGAATGCTCAGATAAAGGACCCTAGGAGAAGGCACCCTGGGGCAAGCAGGTTGGCGAAGCTGAGTACAGACTCCCCAGACACAGTGCCAGGATAGGCCTGGCATTGGGGGGAGGGCACAGAGGGTAACCTC
-+
-1>11ADFFAAFFF11BFFAG?100FC111BF10B000ABFG1E21B10D//B0/EACF0BGGGGGACFEEF?E?E@G1BE1111BFFGFE//>>ECEEFFF/FGGGFG2222BEF1B0CF?/11F1FFGFFBF1111BBFCCG00010/00AEAFFCHB..-<-<CCGBE<D/-/?---@CF0:;0C000:9FFEFFB.9//9.00BC00..;9//99BA?A-;BBB--;---9-9AAB-B/AB9BFFFF#
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16028:1826 1:Y:0:ATCAC
-TCTACCCTCCTTTAATTCCCCTGGTCCAACTGCAGCTGCCATCTCCCCTTAGAAGGCTTCCTACCGAGCCCTGACTTCATCCCCAGTTTCCCACTTCATTTACAACCCCGTGCCTCTTCCACTGGCACCCAAGAATCCTCCCCAGAAAACTCCACACCCCTCCCTCAGGCCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCTCCCCTTCCTCCCCCTCCCCCTTTTTCTCTTCCCTTTCTTCT
-+
->111>@CFAAFFE13BFBBG1110BBE11AB0B11A01AF1DFG1A0/BB1B1A10ABAAAF2BF///AAFGF0BBF@EFE@?F0/@BFB@@1BBEB2B2B2B21B?A>/?//?B>>FFE1BB10/0B??F//00BB<B1<??0//0100<<11@1?A#############################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18682:1855 1:Y:0:ATCAC
-ACACCCCTCCTTTAATTCCCGTAGTGAAGCTGGTGGAGTCTGCAACTCTATAGGTGGAACACCTATATGAACTAACCAGTACCCCCTGGAACCCTTGTGTCTAGCTGCACATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTGGGAACAGAGTCCTCTTGATCTTGCAAACTTTATATGCCCCAATAAAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAATGGGAGTGTGTGGGTAGGGGAGCAGGGCGAGGGGGTATN
-+
-A11>A>DAAAFFFG3FGA3F?000BAA3GCF10A0A00BBG11E1BBAF1ADA1FDEABB0BEGGGBGHBGFGF1ABDFHGFGGE@EFEBCCEAGF0FFGFGFDFGGFCHBF1G2FG2B11F1BDFBGF0CFGECECCHHFHHDBE/1/0F0F1@1>DGHB2<FGHFFBG1?FDF1?1@DDGGFC.FB111D?C.<<GB000.<A...:.//;0C.CAE?B0AA..CFEE?A?-AAFE@G<-;--@-;AF#
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13696:1865 1:Y:0:ATCAC
-TATGCCCTCCTTTAATTCCCGTGGTGAAGCTGATGGAGTCTGCCTGCCTGGAGGGCTTCAGGCCAGCTCAGCAAGATTCCCCAAGGATGCTAAGTCTGCCATGTGCAGCTCTGAGGGTCTGGAATTCCCCAGCCCGGCCCTCACCCCAAAGGCCGTGGTCACACCAGCCCCTCCGCGGCGTTCATCCCATCCTCGCGACAAACGTCCAGGCTGCCCAGGGCCTTCGGGGCCTCCCCGGATGACTTTTCCGG
-+
-A1>>>BFFAAFFG13FGEAG1100A0111BF11B1100BBF1DBB100B1/00A/AFGBD11BB///FE10B1000BFEEDG0///011BF221B2B1FE1B1B2D21BGGG11B//?FG0011BFFFGC0/FFE//<CCHH0?@G@//000FG@</-.1111>A.0>FF<<AC.<----9:A/9;C90;CAB##########################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13674:1866 1:Y:0:ATCAC
-CCTTCCCTCCTTTAATTCCCGTGGTGACGCTGATGGAGTCGGCATGATGCTTGTTGGCCAGCTCAACACGTTTGCAACCTAGGTCCATGGTAGATCCTGGGAACCTTATAACAGCGCTTTTCCCAGGTACAGTAGGTATAGACGCTAAGTGTTCTTGCCGACACACATTTTTATGCACAAAAATGTAAGCTCTTTATACAACTCTTTATACTGGACTTCTTAAGGATGGCAATAATTCTGGAACTTTGTNN
-+
->1>>>BFFFAFFF13BFEDG110AF011AAB00B1100BAA/A/A01D21BF1FG0AGAC/AGG11F1FAGHF?D21BFG11>FGF1210F211BFGF10/01??FG1B22111B//FEFHHDE11/BGD12B2>1FDF2B2</<C?/1FBFH2?G1<?//<-<0C.FGHHH.F000<0/...<DD000<DFGGG0;0:00/;:CGH0;0;C0B/9BFGGF00000:;.//0;00;FFFF0099;FFEF00
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:12099:1882 1:Y:0:ATCAC
-CTTCCCCTCCTTTCATTCCCCTGGTGCAGCTGATGGAGTCGATGCTTCTCCCCAGAGCCTCTCTGCCCCTAGCATCCCTGGTTTACTTTGCCTGAGCCTAACTAAGCTCTGTGAAGAAATCATCTGAGTGAATCCCTGTTCCTAACTCAGCTGTGGGCTCAGGGTAGTTACTTAATAGATACGGTCTGGAATAACGAGCAATGCCCTGCGTTCCATGGTAGACGTAGCTACAGTCTGTATAGGTCTCACAT
-+
->1>1A>FFAAFFF13BF33B1100BB1AAAE111110ABB00AF/A21B11BBF///B0FFEAFB1AABF/EF1FE0/F1/BB01@BDG1BB11001>F110B1110@1B1B2221100BB1BEB121B11221BB11BF>FE21B>F11111B00/?0?100@F0/FD22@FD1111111</?FEA################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15290:1889 1:Y:0:ATCAC
-ACGGCCCTCCTTTAATTCCCCAGGTCCAGCTGCAGCAGTCATGGAGGCAGTGAGGAGCATGACACCATCATCATGGCCAGCAAAGGCATGGCCAGGGACAGGACCCGTGCGGGGGTGGGGCAACCGCAGGAGAGATGGACAGATGTCTGTCCCTGGACCTCAGTCCCCTTCCTGTTTTGGGATGCACAGTGAACACACTGGTAAGCTGCTGCAGGCGTTAATTCAGGGGCTGCAAAGGCAACTTGGGTTGG
-+
-1>1>AADAAAFFG13FGEDGC00AGHHCHFG1F0BA0AFH1DDB1C/A//BF1B01/F/BG1B1B/ABEFGFBGBEFEGC/0010B?>E00B>1////?///0?FE@E///@///<--<-<-.<C----:CC.EAGCG/:0E/99CBBBFFFFB0A/;BCF//;BFFAFGFFFFFFBF#########################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16520:1895 1:Y:0:ATCAC
-ACCGCCCTCCTTTATTTCCCCTGGTTCAACTGCTGCTGTCAACTGGCTTGTTTCAGGGCTATATTTATTCATAGTCAGTATTCACTTTTTTCTTTCTGCATTTTTATCTGAGCACCAGCAAGGTCCCTTCCCCTCCCTGGAAAATCTAAATGGCTACTCTGATACTGGGTTTGTGCTTAGTAAAACTAGCTGCAACTTGAAGAGGAAGCAGGCATCTACTCAGTCTTCTTGTGTTGGGACTGGAAGGGGCN
-+
-A11>A1DD1AFF313BGB3G0000BFDGB1D0A11A1BAFFHGF00/0A/AFE22210/00B2FH22DGA2D22FG21FBBF2DFFGGGHGGHFGDFFF2FGHGHEH2GG2111F/00>000/B1>BFGC>>FGAECGFE0110BBFG1BFG1FF10GHGF1@@FGFEAG<AC00<<F1?<1?111F1>BF1101<<GD11=0.C./<C//<..:;GF0GC0:CFCGGCHFCBCGEE@.AFE?########
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15708:1907 1:Y:0:ATCAC
-CGTGCCCTCCTTTAATTCCCGAGGTTCAGCTTCAGCAGTCTCCAGAAAGACACCTGCCTGGGATGGAAGAAAGGCACCTGCCCTGGGTGCTACAATGGATGAATGTGTGATAGAAGGATGGGAAGAATGGAGAATCCAGTGGAGATGCAGAAGAGAAAGTGAAGCCTAGAGTTCATACAATGTGGAGAAAGGTGTAACTAGAGACACACAGCAGCAAGGAACAGACAGATGGGAGGAGGTTCTGACCCTNN
-+
-AAAAAAFFAAFFG13FGFFGF00EEHHHHHGHH11E1GGHHHHFE10110ABGEGGFHG1F/0FFECEGFCAF0GFGGHFHHHGHEEHEEHBGB1GHH1F1BGGHHFGH1FF2D11EAGFEH01E0BFFHHHFCGHHFFHHFFA1GGHGH10@1FGFBCGB@2?FHHHFHEFGH1GFHH<GFGHB<FE01FF<<DFGFHHH0CBGBGF?CAG/CG.C:..CFGB/FFGBFGE?F.@BGGGGGGGEFGGGB;
diff --git a/pipeline1/ref_output/000002.bam b/pipeline1/ref_output/000002.bam
deleted file mode 100644
index fadf77776c1a0b6ab43a9d847a309a3f23bfcbe9..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/pipeline1/ref_output/000002.bam
+++ /dev/null
@@ -1,40 +0,0 @@
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18189:1574 2:Y:0:ATCAC
-TTTCTCTCCTTTTCCCTTTTCTTTTTTTCCCCCTTTTTCCTTTTCCCTTTCCTTTTTTCTTCTTTCTTTTCTCCTCTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTCTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTCTTCTTTTTTTTCTTCTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTCTCTTTTTTTTCTTCTTCTCTTTTTCTCCTTTTTCTTTCTTCTCTTTCCTCTTCTCTTTCTTCTTTTTCTTTTTTCTTCCTTTTT
-+
-111113311113131111113133110A0110000A110112A################################################################################################################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:14927:1801 2:Y:0:ATCAC
-TATTGAGGAGAGTGAGTGAGCAAGGGATACACTGTTGGGGTATGAGGTCGTTGAGTGAGATTACAAGTAGGCAGCTGTCCTGGACACTGAGGTTACCCTCTGTGCCCTCCCCCCAATGCCCGGCCTATCCTGGCACTTTGTCTGGGGCGTCTGTACTCAGCTTCGCCACCCTGCTTGCCCCCGGGTGCCTTCTCCTATGGTCCTTTCTCTGAGCATTCTCGCGTTTGTTTTACAGTACCGGGCCAGGCCGG
-+
-11>>131111111A1111111100000B011AD12D1000A/11210BBAAA0/1BB111AB1B111D2B111/>F1FEFE100010B111/BFB1@>FGG1B21B>GGAEAA@//01<<0///<?0BB<D1000@@@D1@2F100//-<><.<0=GG00/0<G#######################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16028:1826 2:Y:0:ATCAC
-TTTCGCGGACATCGCGTTCGCCCCTTATGGTCCTTTGTGGCTCTCCTCTTCCCGTCTGTTCCTCGGCTATCCCTGGTTGTTTTCTTTTAGGCTAGCCTCCCTTTGGGGACCTCCCTGTCTCTCTTGTTGCTGTTCACTCACGCCCCGTCCTCCTCTAATGCCTGTTTCTCCTGCTTTCTTTCTTCCTTACTTTCTCCTCCCCTCCTTCCCCTTTTTTCCCTCCTCTCTGCCCTTCTCCTCCCCCTCTTCCC
-+
-111111111001100000000////01D1122A12A120//A1AA01011A10//>B/1222D############################################################################################################################################################################################
-@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18682:1855 2:Y:0:ATCAC
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--- a/pipeline1/ref_output/content.md5
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
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-MD5 (./000002.bam) = 4e566752a20f42c829ad911a46f22200
-MD5 (./000003.bam) = 4b1060ecb638467adde852335d108f4e
-MD5 (./000004.bam) = 9dffdab26724bd95d8b733d61c92a121
diff --git a/pipeline1/rule_graph.png b/pipeline1/rule_graph.png
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index 3e9b3beee7df54662265b3faf73770a254add54b..0000000000000000000000000000000000000000
Binary files a/pipeline1/rule_graph.png and /dev/null differ