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Commit dd4a841e authored by Balazs Laurenczy's avatar Balazs Laurenczy
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TTTTCCCTCCTTTCTTTCCCCTCTTTCCCCTTTTTCTTTCTTTTCCTTTCCTCCTCTCTCCCTCTCTGTTCCCTTCCTTCTCTTTCTCCTTCTCTTTTTTCTCTTTTTCCTTCTATTTTGTTTTCTCCTTTCCCCCTCCTCCTTCTTCTTTTCTCTTCTCCCTGCCCTTTTTCCCCCCTTCTTCTTTCCCTCTCTTTTTTTCTTCTCTCTTCTCCTCTCTTTGCCTCCTCTCTCTCTCCTCCCTCTTCCTT
+
1111>1BD1>1B313BF31B1110B33110B01110111A21112112211D10A01011000000112222111001A1112A12221111B122111/>@2221110112112@22@####################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:12995:1651 1:Y:0:CTTGT
TTTCCCCTCCTTTCTTTCCCCTCCTCCCGCTTCTGCTGTCTTTGTCTTTTCTGGCCCTCCCTGGGGCCTCTGTGCTGGTTTCCTGCTTGTCTTCTTTCTCCCCCTTTACTTGCTCCTTTCTTCCCTGGTTCACTCCGTTGCCTTGCCCGGGTCTGGTCTGTTTTGGCTACCTTACTCCTCGCACTGTTTATTCTGTGTCCCCTCCGCCGTTCCCGGCCTCTTCCACCTTGTCTGCCGCCCCATCCTCCTTC
+
>>1>>1BC1ACDA13BF31F1100B0A000A0A11111AAB2212AA2212B2110///AAB1////AAB11D21211B1B12B1111101B@@B112B2B0>>>>B11B211B11>121B1>1><1/111112B0//1//BB111<1///<<@0011<011??#######################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13654:1674 1:Y:0:CTTGT
TTTTCCCTCCTTTATTTCCCGTGGTGCACCTGGTGGTGTCTGGAGTTGTCTTGGTGCAACCTGGAGGATCCATGCAACTCTCCTGTGTTGCCTCTGGATTCACTTTCAGTAACTACTGGCTGACCTGGGTCCGCCTGTCTCCAGAGACGGGGCTTGAGTGCCTTGCTGCACTTAGATTGCCATCTATTAATTCTGCAACACATTCTGCGGAGTCTGTGACAGGGTGGTTCACCATCTCATGAGATGATTCC
+
1>1>>1BF>ACFF13BBAAF1100A011ABB00B0000AAD10101011ADD11B/111ABB0000//BBB1D1111BBBD@0F1B1DB/1@BBF111BBB11B@FF22B22@B1B@11/>/00>B00/B<?//?//BBF><111/00////<<F/01?111<11??1101<<111<<1111>FG##################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16931:1688 1:Y:0:CTTGT
TTTTCCCTCCTTTCTTTCCCTTCTTCCCCCTTCTTCTTTCTTTTTCTTTTCTTCTTTCTCCTTCTTCCTCTTTTTTTTTTTCCTTCTTTTCTTCTTTCTTTTCTTTCTTTTTCTTCTTTTTTTTCTCCTTTTTTCTTTTTCCTTCTCCTTGTCTTTTCTCCTTTCTCCTTTTTTTTCCTTTTTTTGTTTTTTCTTTCTTCTTTGCTTTTTTCTTTTTTTTTTCCTCTCTTCCTCCTTTCCACTCCTCCACC
+
1>11>1BD1A1D313BE31B1111B31000A00112211BA11110A1112D122112221A111A21A111A11///>>>01@2111112@@2B112@1@1211>2211110>122111B##################################################################################################################################
pipeline1/input/000004.fastq 0 → 100644
+ 40
− 0
View file @ dd4a841e
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15109:1359 2:Y:0:CTTGT
TTTTTCTCCCCTTCCCTTTTTCTCTTCTCCCCCTTTCTCCTTTTCCTCTTCCTCTCTCTCTTTTTTCTCTCTCTTCTTTTTCCCTTTTCCCCTCCTTTTCCTCTTTCTTTCTCTTTTTTTTTTTCCTCTCTCTTTCCTTTCCTTTCTCTTTCTTTTTTTCTCTTCTTCCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTCCTCCCTCTCCTTTTCCTTTCCTTTTTTTTCCTTTTCCTTCCTCCTCTCCTCTTCTCTT
+
11111113B1111111111111133A131100000112211121211111111110111112111/01221A112121111011@######################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:14713:1404 2:Y:0:CTTGT
CTTTTCTCCTCTTCCTTTTTCCTCTTCTCCCCCTTTTTCTTTTTTTTTTTCCTTTCTCTTTTTTTCCTCTTTCTCTTTTTTCCCTTTCCCCCTTTTCCCCTTTCCCCTCTTTTCTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCCTCTTTTTTCTTCTTCTTCTTTTCCTTTTCTTCTTTCTTTTTCTTTTTTTCTCCCTTCTTTTTTCCCCTTTCCTTCTTCTTCTTTTTTTCCTCTTTTTTCCCTTTCT
+
11111313@##################################################################################################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16120:1479 2:Y:0:CTTGT
TTTTTCCTCTTTTCCTTTCTCCTCTTCTCCCCCTTTTTCTTTTTTTTCTTTCTTCCTCTCTCCTTTCTCTTTCTCCCTTTTCCCTTTCCCCCTTTCCTCTTTCCCCCCCTCCCTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTCCCTTTCTCTTCTCCTCTTTTTCTTTTCTTTTCCTTTTCTTCTCTTCTTTTCTTCTCTTCTCTTTTCTTCTTTCTCCTCCCTTTCTCTCTCTCTCCTTTCTTTTTTCCCTCTTTCT
+
11111>13B1131313331331111A131100000111011A11///01112B121B11011011212222A22210011@##########################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15550:1480 2:Y:0:CTTGT
TTTTCCTCCTCTTCCTTTTTCCTCTTCTCCCCTTTTTTCTTTTTTCTTTTCCTTTCTCTCTCCTTCTTCTTTCTCCTTCTTCCCTTTCCCCCTTTTCTCCTCTTCTCCTCCCTCTCCCCCCTCTCTTTCTCTTTTCTTCTTTTCTTTCTCCTCTTTCTTCTTTCTCCTCTTTTCCTTTTTCTTTTTCTTCTTTTCCTTTTCTCTCTTCTTCCTCTCTCCCCCCTTCTCTCTTTCTTCCTTCTTCTTTTCTC
+
11111131B11111113311113111131100001110011111/01111211221A2A111011111221122211111A##########################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:17866:1538 2:Y:0:CTTGT
TTTTTCTCCTCTTCCTTTCTCTTCTTCTCCCCTTTTTTCTTTTTTCTTTTCCTTTCTCTCTTTTTTTTCTTTTTCTTCTTTTCCTTTTCCCCCTTCTTCCTTTTCTTCCTTCCCTTTCCTTCTTTCTCCTCTTTCTTCTTTTTTTTCCTCCTCTCTCTTTCTTCTCCTCTCCTTCTTCTCTTTTCTCTTCTCTCTTTCTTCCCTCCCTCTCCCCTTCCCCTTCTCCTTCTCCTTCTTCTTCTTTTTCCCTC
+
11111113@1111111331333313A3A1100001110A111A1/0111121A221A2A112111///011111011221@@21@@21@1@################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13823:1545 2:Y:0:CTTGT
TCTTCCTTCTCTTCCTTCCTCTTTTTCTCCTCCTTTTTCCTTTTTTTTTTCCTTCCTCTCTTCTTCCTCTCTTTCCTTCTTCCCTTCTCCCCTTCCCTCCCCTTCCCCCTCTCTTCTTCCTTTTTTTTCCCTTTCCCTTTTTTTCTTCTCTTTCTCCTCCTTCCTCTTCCTTCTCCTTTCCTTTTTCTTCCTTTTCTTCTCCTTCTCTCTCTCTTTTCTCCCTCTCCCCTTCCCCTTGTCTTCCTCTTCTT
+
1111111311133111311111131A0131100013110112A110////01B210A1A012121211@10@2121121112101101110/00000@#########################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18123:1650 2:Y:0:CTTGT
TCTTTCTCCTTTTCCTTTTTCTTCTTCTCCCCTTTTCTCTTTTTCTTCTTTCTTTCTCTCTTTTTTTTCTTTTTCCTTCTTCCCTTCTCCCCTTTCTTCTTTCTTCCTTCCCCTTCTTTCCTTTTCTCTCTCTCTCTTTTCCCTCTCTCTTTCCTCTTTTTTCTCCCTCTTCCTTTTTTTTTTTTCTTCTCTCTTCTTTTTTTCCTTTCTCCTCCTCTCTCTTCCTTTTCCTTCTGTTTTCTTCTCTTTTC
+
1111133311131313331111333A33110000113132211101122112A112A##################################################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:12995:1651 2:Y:0:CTTGT
TTCTCCCCCCTTTCCTCTCTCTTCTTCTCCCCCTTTTTCCTTTTCCTTTTTCTTTCTCTCTTCTCTCCCTTTTCCCTCTTTCCCTTCTCCCCTCTCCTCCTTCTTCCTCTCTCCTCTTTCTCTCTCCTCCTCTTCTTTCTCCTCTCCTCTCCCCCTTCTCCTTTCCTTCTCTCCTCTCCTTCTCTTTTTCTCTTCTCTCTCTCTCTCCTTCTCCTTTCCCTTCTTCTTCTTCTCCTTTTCTCCCTTCCTCC
+
11111111111111131101113131221100000111011A2121122110A11222AAA2121210001A12111001@2111101110>0/>00100011112111@01101011122221B##############################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13654:1674 2:Y:0:CTTGT
CTCCCTCCCCCTTCCTCTCTCTTCTTCTCCGCTTTTGTCCTTTTGCCTGTTCTCTCTCTCTTCCGCTTCTTTTACCTGTTTCCCTTCTCCCCTCTCCTCCCTCCCTTCGTCCCCCTCCTCTTTTCCTTTCTTCTTTCCTTTCTCTTCCTCTCTTCCTTTTTTCCTTTTCCTCTCCCCCCTCCTTTTTTTCTCCTCTCTTTCTCTTTTTCTCCTCCCTTTCCCCTTCTCCCCCTCCTCTTTTCCTTCTTTTT
+
11111111111111111101113131331100000110B122211111111B222AAAAAA2A1////A11A12A11111@2@1@@01B1>>0/B############################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16931:1688 2:Y:0:CTTGT
TTTCTCTCCTCTTCCTTTCTTTTTTTTTCCCCTTTTCTTTTTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTCCTTTTCCCCCTTTTTCCTTTTCTTTTTTTTCCTTTTCTTTTCTTTCCCTTTTTTTTTCCTCTCTTTCCTCTTTTTTTCTTCTTCTTTCCTTCTTCTCTCCTTTCCTTTTTTCTTTTTCTCCTTTCCCTCTTTCTTTTCCCTTTTCCTTTCCCTTTTTCTTTTTTTCTCCT
+
1111133111111111331333110000011000112111A1///01221111111@1@112111/011B110@#################################################################################################################################################################################
pipeline1/pipeline1.snake
+ 28
− 19
View file @ dd4a841e
...@@ -27,18 +27,24 @@ N_FILES = int(config.get('n', 4)) ...@@ -27,18 +27,24 @@ N_FILES = int(config.get('n', 4))
IN_FOLDER = config.get('input_folder', 'input') IN_FOLDER = config.get('input_folder', 'input')
if IN_FOLDER[:-1] != '/': IN_FOLDER += '/' # add ending slash to folder path if IN_FOLDER[:-1] != '/': IN_FOLDER += '/' # add ending slash to folder path
exit('Cannot find input folder at path "{}". Aborting.'.format(REF_FOLDER)) # check if input folder exists
if not os.path.exists(IN_FOLDER):
exit('Cannot find input folder at path "{}". Aborting.'.format(IN_FOLDER))
if not os.path.exists(REF_FOLDER):
OUT_FOLDER = config.get('output_folder', 'output') OUT_FOLDER = config.get('output_folder', 'output')
if OUT_FOLDER[:-1] != '/': OUT_FOLDER += '/' # add ending slash to folder path if OUT_FOLDER[:-1] != '/': OUT_FOLDER += '/' # add ending slash to folder path
# make sure folder exists
shell('mkdir -p {OUT_FOLDER}')
TMP_FOLDER = config.get('temp_folder', 'tmp')
if TMP_FOLDER[:-1] != '/': TMP_FOLDER += '/' # add ending slash to folder path
# make sure folder exists
shell('mkdir -p {TMP_FOLDER}')
REF_FOLDER = config.get('ref_folder', 'ref_output') REF_FOLDER = config.get('ref_folder', 'ref_output')
if REF_FOLDER[:-1] != '/': REF_FOLDER += '/' # add ending slash to folder path if REF_FOLDER[:-1] != '/': REF_FOLDER += '/' # add ending slash to folder path
if not os.path.exists(REF_FOLDER): # get the list of files to process
exit('Cannot check validity of pipeline as there is no reference folder at path "{}". Aborting.'.format(REF_FOLDER))
IDs, = glob_wildcards(IN_FOLDER + "{id}.fastq") IDs, = glob_wildcards(IN_FOLDER + "{id}.fastq")
...@@ -49,38 +55,41 @@ IDs, = glob_wildcards(IN_FOLDER + "{id}.fastq") ...@@ -49,38 +55,41 @@ IDs, = glob_wildcards(IN_FOLDER + "{id}.fastq")
rule all: rule all:
input: input:
expand(OUT_FOLDER + '{id}.bam', id = IDs) expand(OUT_FOLDER + '{id}.bam', id = IDs)
shell: run:
logging.info('Pipeline completed.') logging.info('Pipeline completed.')
rule step1: rule step1:
input:
TMP_FOLDER + '{id}.sam'
output: output:
OUT_FOLDER + '...' OUT_FOLDER + '{id}.bam'
shell: shell:
'...' 'cat {input} > {output}'
rule step2: rule step2:
output:
OUT_FOLDER + '...'
shell:
'...'
rule step3:
input: input:
'...' IN_FOLDER + '{id}.fastq'
output: output:
OUT_FOLDER + '...' TMP_FOLDER + '{id}.sam'
shell: shell:
'...' 'cat {input} > {output}'
onsuccess: onsuccess:
logging.info('Pipeline completed successfully.') logging.info('Pipeline completed successfully.')
# check if reference folder exists
if not os.path.exists(REF_FOLDER):
exit('Cannot check validity of pipeline as there is no reference folder at path "{}". Aborting.'.format(REF_FOLDER))
MD5_CMD = "md5sum"
if sys.platform == 'darwin':
MD5_CMD = "md5"
# test if output folders are identical # test if output folders are identical
shell('cd {OUT_FOLDER} && find . -regex ".*.log" -type f -exec md5sum {{}} \; | sort -k2 > content.md5') shell('cd {OUT_FOLDER} && find . -regex ".*.bam" -type f -exec {MD5_CMD} {{}} \; | sort -k2 > content.md5')
try: try:
shell('diff {OUT_FOLDER}content.md5 {REF_FOLDER}content.md5') shell('diff {OUT_FOLDER}content.md5 {REF_FOLDER}content.md5')
logging.info('Pipeline is valid.'.format(REF_FOLDER)) logging.info('Pipeline is valid.'.format(REF_FOLDER))
......
pipeline1/ref_output/000001.bam 0 → 100644
+ 40
− 0
View file @ dd4a841e
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18189:1574 1:Y:0:ATCAC
TTTTCCCTCCTTTCTTTCCCCTCCTTCCTCTTTTGCTTTCCACACCCCTTCTCTCTCCCCTTCTCTCTCCCCCCCCCTCTCCCCCTCTCTCTCCCCCTCTCTTTCCCCCCCTCTCTCCCCCTCTCTCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCCCCTCCCTCCTCCCTCCCCCCCCCTCTTCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCT
+
>11>>1BD1A1DA13BF31B1110B1101AD13111111BA21100///00A1211AAAA000112A110AA###################################################################################################################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:14927:1801 1:Y:0:ATCAC
GTAGCCCTCCTTTACTTCCCGTGGTGAAGCTGGTGGAGTCTGCAGTGGTGGCAGCAGCAACCTTCGACACCGCAGCTAGCAATACCCTCCGGCCTGCCCCTGTTCTGTAAAACATACGCTAGAATGCTCAGATAAAGGACCCTAGGAGAAGGCACCCTGGGGCAAGCAGGTTGGCGAAGCTGAGTACAGACTCCCCAGACACAGTGCCAGGATAGGCCTGGCATTGGGGGGAGGGCACAGAGGGTAACCTC
+
1>11ADFFAAFFF11BFFAG?100FC111BF10B000ABFG1E21B10D//B0/EACF0BGGGGGACFEEF?E?E@G1BE1111BFFGFE//>>ECEEFFF/FGGGFG2222BEF1B0CF?/11F1FFGFFBF1111BBFCCG00010/00AEAFFCHB..-<-<CCGBE<D/-/?---@CF0:;0C000:9FFEFFB.9//9.00BC00..;9//99BA?A-;BBB--;---9-9AAB-B/AB9BFFFF#
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16028:1826 1:Y:0:ATCAC
TCTACCCTCCTTTAATTCCCCTGGTCCAACTGCAGCTGCCATCTCCCCTTAGAAGGCTTCCTACCGAGCCCTGACTTCATCCCCAGTTTCCCACTTCATTTACAACCCCGTGCCTCTTCCACTGGCACCCAAGAATCCTCCCCAGAAAACTCCACACCCCTCCCTCAGGCCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCTCCCCTTCCTCCCCCTCCCCCTTTTTCTCTTCCCTTTCTTCT
+
>111>@CFAAFFE13BFBBG1110BBE11AB0B11A01AF1DFG1A0/BB1B1A10ABAAAF2BF///AAFGF0BBF@EFE@?F0/@BFB@@1BBEB2B2B2B21B?A>/?//?B>>FFE1BB10/0B??F//00BB<B1<??0//0100<<11@1?A#############################################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:18682:1855 1:Y:0:ATCAC
ACACCCCTCCTTTAATTCCCGTAGTGAAGCTGGTGGAGTCTGCAACTCTATAGGTGGAACACCTATATGAACTAACCAGTACCCCCTGGAACCCTTGTGTCTAGCTGCACATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTGGGAACAGAGTCCTCTTGATCTTGCAAACTTTATATGCCCCAATAAAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAATGGGAGTGTGTGGGTAGGGGAGCAGGGCGAGGGGGTATN
+
A11>A>DAAAFFFG3FGA3F?000BAA3GCF10A0A00BBG11E1BBAF1ADA1FDEABB0BEGGGBGHBGFGF1ABDFHGFGGE@EFEBCCEAGF0FFGFGFDFGGFCHBF1G2FG2B11F1BDFBGF0CFGECECCHHFHHDBE/1/0F0F1@1>DGHB2<FGHFFBG1?FDF1?1@DDGGFC.FB111D?C.<<GB000.<A...:.//;0C.CAE?B0AA..CFEE?A?-AAFE@G<-;--@-;AF#
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13696:1865 1:Y:0:ATCAC
TATGCCCTCCTTTAATTCCCGTGGTGAAGCTGATGGAGTCTGCCTGCCTGGAGGGCTTCAGGCCAGCTCAGCAAGATTCCCCAAGGATGCTAAGTCTGCCATGTGCAGCTCTGAGGGTCTGGAATTCCCCAGCCCGGCCCTCACCCCAAAGGCCGTGGTCACACCAGCCCCTCCGCGGCGTTCATCCCATCCTCGCGACAAACGTCCAGGCTGCCCAGGGCCTTCGGGGCCTCCCCGGATGACTTTTCCGG
+
A1>>>BFFAAFFG13FGEAG1100A0111BF11B1100BBF1DBB100B1/00A/AFGBD11BB///FE10B1000BFEEDG0///011BF221B2B1FE1B1B2D21BGGG11B//?FG0011BFFFGC0/FFE//<CCHH0?@G@//000FG@</-.1111>A.0>FF<<AC.<----9:A/9;C90;CAB##########################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:13674:1866 1:Y:0:ATCAC
CCTTCCCTCCTTTAATTCCCGTGGTGACGCTGATGGAGTCGGCATGATGCTTGTTGGCCAGCTCAACACGTTTGCAACCTAGGTCCATGGTAGATCCTGGGAACCTTATAACAGCGCTTTTCCCAGGTACAGTAGGTATAGACGCTAAGTGTTCTTGCCGACACACATTTTTATGCACAAAAATGTAAGCTCTTTATACAACTCTTTATACTGGACTTCTTAAGGATGGCAATAATTCTGGAACTTTGTNN
+
>1>>>BFFFAFFF13BFEDG110AF011AAB00B1100BAA/A/A01D21BF1FG0AGAC/AGG11F1FAGHF?D21BFG11>FGF1210F211BFGF10/01??FG1B22111B//FEFHHDE11/BGD12B2>1FDF2B2</<C?/1FBFH2?G1<?//<-<0C.FGHHH.F000<0/...<DD000<DFGGG0;0:00/;:CGH0;0;C0B/9BFGGF00000:;.//0;00;FFFF0099;FFEF00
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:12099:1882 1:Y:0:ATCAC
CTTCCCCTCCTTTCATTCCCCTGGTGCAGCTGATGGAGTCGATGCTTCTCCCCAGAGCCTCTCTGCCCCTAGCATCCCTGGTTTACTTTGCCTGAGCCTAACTAAGCTCTGTGAAGAAATCATCTGAGTGAATCCCTGTTCCTAACTCAGCTGTGGGCTCAGGGTAGTTACTTAATAGATACGGTCTGGAATAACGAGCAATGCCCTGCGTTCCATGGTAGACGTAGCTACAGTCTGTATAGGTCTCACAT
+
>1>1A>FFAAFFF13BF33B1100BB1AAAE111110ABB00AF/A21B11BBF///B0FFEAFB1AABF/EF1FE0/F1/BB01@BDG1BB11001>F110B1110@1B1B2221100BB1BEB121B11221BB11BF>FE21B>F11111B00/?0?100@F0/FD22@FD1111111</?FEA################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15290:1889 1:Y:0:ATCAC
ACGGCCCTCCTTTAATTCCCCAGGTCCAGCTGCAGCAGTCATGGAGGCAGTGAGGAGCATGACACCATCATCATGGCCAGCAAAGGCATGGCCAGGGACAGGACCCGTGCGGGGGTGGGGCAACCGCAGGAGAGATGGACAGATGTCTGTCCCTGGACCTCAGTCCCCTTCCTGTTTTGGGATGCACAGTGAACACACTGGTAAGCTGCTGCAGGCGTTAATTCAGGGGCTGCAAAGGCAACTTGGGTTGG
+
1>1>AADAAAFFG13FGEDGC00AGHHCHFG1F0BA0AFH1DDB1C/A//BF1B01/F/BG1B1B/ABEFGFBGBEFEGC/0010B?>E00B>1////?///0?FE@E///@///<--<-<-.<C----:CC.EAGCG/:0E/99CBBBFFFFB0A/;BCF//;BFFAFGFFFFFFBF#########################################################################
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:16520:1895 1:Y:0:ATCAC
ACCGCCCTCCTTTATTTCCCCTGGTTCAACTGCTGCTGTCAACTGGCTTGTTTCAGGGCTATATTTATTCATAGTCAGTATTCACTTTTTTCTTTCTGCATTTTTATCTGAGCACCAGCAAGGTCCCTTCCCCTCCCTGGAAAATCTAAATGGCTACTCTGATACTGGGTTTGTGCTTAGTAAAACTAGCTGCAACTTGAAGAGGAAGCAGGCATCTACTCAGTCTTCTTGTGTTGGGACTGGAAGGGGCN
+
A11>A1DD1AFF313BGB3G0000BFDGB1D0A11A1BAFFHGF00/0A/AFE22210/00B2FH22DGA2D22FG21FBBF2DFFGGGHGGHFGDFFF2FGHGHEH2GG2111F/00>000/B1>BFGC>>FGAECGFE0110BBFG1BFG1FF10GHGF1@@FGFEAG<AC00<<F1?<1?111F1>BF1101<<GD11=0.C./<C//<..:;GF0GC0:CFCGGCHFCBCGEE@.AFE?########
@BS-DSFCONTROL04:64:000000000-A6D1C:1:1101:15708:1907 1:Y:0:ATCAC
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