diff --git a/screening/sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/AbstractTabularDataGraphTest.java b/screening/sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/AbstractTabularDataGraphTest.java
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+++ b/screening/sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/AbstractTabularDataGraphTest.java
@@ -40,11 +40,11 @@ public abstract class AbstractTabularDataGraphTest extends AbstractFileSystemTes
/**
* Return the tabular data as a DatasetFileLines.
*/
- protected DatasetFileLines getDatasetFileLines() throws IOException
+ protected DatasetFileLines getDatasetFileLines(String fileName) throws IOException
{
File file =
- new File(
- "sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/CP037-1df.csv");
+ new File("sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/"
+ + fileName);
CsvReader reader = getCsvReader(file);
List<String[]> lines = new ArrayList<String[]>();
while (reader.readRecord())
@@ -53,7 +53,14 @@ public abstract class AbstractTabularDataGraphTest extends AbstractFileSystemTes
}
return new DatasetFileLines(file, "test", lines);
+ }
+ /**
+ * Return the tabular data as a DatasetFileLines.
+ */
+ protected DatasetFileLines getDatasetFileLines() throws IOException
+ {
+ return getDatasetFileLines("CP037-1df.csv");
}
/**
@@ -61,18 +68,7 @@ public abstract class AbstractTabularDataGraphTest extends AbstractFileSystemTes
*/
protected DatasetFileLines getBigNumberDatasetFileLines() throws IOException
{
- File file =
- new File(
- "sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/BigNumbers.csv");
- CsvReader reader = getCsvReader(file);
- List<String[]> lines = new ArrayList<String[]>();
- while (reader.readRecord())
- {
- lines.add(reader.getValues());
- }
-
- return new DatasetFileLines(file, "test", lines);
-
+ return getDatasetFileLines("BigNumbers.csv");
}
/**
diff --git a/screening/sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/BigNumbers.csv b/screening/sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/BigNumbers.csv
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--- a/screening/sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/BigNumbers.csv
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@@ -1 +1 @@
-WellName;TotalCells;InfectedCells;InfectionIndex;RelativeInfectionIndex;Log2RelativeInfectionIndex;Log2RelativeCellNumber;ZScore;MAD;Images;OligoNumber;PlateNumber;ReplicaNumber;BatchNumber;GeneData;GeneID;WellRow;WellCol;Path;ImageIndices;RawImages;BigNumber
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F19;2894;92;0.03179;0.929752;-0.105082;-0.376708;-0.049217;-0.150903;9;2;37;6;0;HBXAP;51773;6;19; ; ;9;1.11111E+15
F20;4830;460;0.095238;2.785407;1.477888;0.36225;1.185582;2.122554;9;2;37;6;0;TRPM4;54795;6;20; ; ;9;1.11111E+15
F21;2973;50;0.016818;0.491873;-1.023642;-0.337854;-0.765741;-1.470137;9;2;37;6;0;LRP1B;53353;6;21; ; ;9;1.11111E+15
F22;4892;217;0.044358;1.297332;0.375548;0.380651;0.325699;0.539376;9;2;37;6;0;MS4A12;54860;6;22; ; ;9;1.11111E+15
F23;6858;114;0.016623;0.486167;-1.040477;0.868015;-0.778873;-1.494315;9;2;37;6;0;Blank;Blank;6;23; ; ;9;1.11111E+15
F24;6345;111;0.017494;0.511646;-0.966783;0.755847;-0.721388;-1.388476;9;2;37;6;0;Blank;Blank;6;24; ; ;9;1.11111E+15
G01;1985;2;0.001008;0.029468;-5.084718;-0.920634;-3.933591;-7.302644;9;2;37;6;0;Blank;Blank;7;1; ; ;9;1.11111E+15
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O06;2564;88;0.034321;1.003789;0.005457;-0.551377;0.037009;0.007852;9;2;37;6;0;PHF20L1;51105;15;6; ; ;9;1.11E+15;0
O07;4947;188;0.038003;1.11146;0.152456;0.396781;0.151676;0.218972;9;2;37;6;0;LOH3CR2A;29931;15;7; ; ;9;1.11E+15;0
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O09;1211;6;0.004955;0.144906;-2.786815;-1.633574;-2.141108;-4.002402;9;2;37;6;0;LRP12;29967;15;9; ; ;9;1.11E+15;0
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O11;975;12;0.012308;0.35996;-1.47409;-1.946299;-1.117114;-2.11707;9;2;37;6;0;GLTSCR1;29998;15;11; ; ;9;1.11E+15;0
O12;4631;492;0.106241;3.107193;1.635612;0.301551;1.308615;2.349077;9;2;37;6;0;CKLF;51192;15;12; ; ;9;1.11E+15;0
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P10;4137;110;0.026589;0.777652;-0.362804;0.138812;-0.250253;-0.521043;9;2;37;6;0;KIAA1128;54462;16;10; ; ;9;1.11E+15;0
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P14;5775;110;0.019048;0.557081;-0.84404;0.620048;-0.625642;-1.212193;9;2;37;6;0;DLL4;54567;16;14; ; ;9;1.11E+15;0
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P17;3932;203;0.051628;1.509943;0.594494;0.06549;0.496488;0.853826;9;2;37;6;0;ARTS-1;51752;16;17; ; ;9;1.11E+15;0
P18;4233;333;0.078668;2.300774;1.202119;0.171907;0.970468;1.726495;9;2;37;6;0;ROPN1;54763;16;18; ; ;9;1.11E+15;0
P19;1430;72;0.05035;1.472565;0.558331;-1.393758;0.46828;0.801889;9;2;37;6;0;IL17D;53342;16;19; ; ;9;1.11E+15;0
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P21;1064;74;0.069549;2.03408;1.024377;-1.820275;0.831819;1.471222;9;2;37;6;0;PTOV1;53635;16;21; ; ;9;1.11E+15;0
P22;999;54;0.054054;1.580907;0.660752;-1.911217;0.548173;0.948986;9;2;37;6;0;CYP2W1;54905;16;22; ; ;9;1.11E+15;0
P23;5812;79;0.013593;0.397539;-1.330833;0.629262;-1.005366;-1.911324;9;2;37;6;0;GFP;GFP;16;23; ; ;9;1.11E+15;0
P24;5412;205;0.037879;1.107832;0.14774;0.526389;0.147997;0.212198;9;2;37;6;0;GFP;GFP;16;24; ; ;9;1.11E+15;0
\ No newline at end of file
diff --git a/screening/sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/TabularDataHeatmapTest.java b/screening/sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/TabularDataHeatmapTest.java
index 196e4378d906a8ab5c771b4ea75847164a43d64d..eed6eef5482869d434b01aaa8842ada3427a58b6 100644
--- a/screening/sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/TabularDataHeatmapTest.java
+++ b/screening/sourceTest/java/ch/systemsx/cisd/openbis/dss/generic/server/graph/TabularDataHeatmapTest.java
@@ -59,6 +59,24 @@ public class TabularDataHeatmapTest extends AbstractTabularDataGraphTest
assertTrue(outputFile.length() > 0);
}
+ @Test
+ public void testLotsOf0sHeatmap() throws IOException
+ {
+ File outputFile = getImageOutputFile();
+
+ TabularDataHeatmapConfiguration config =
+ new TabularDataHeatmapConfiguration("Test", "WellName", "Zero", 300, 200);
+ AbstractTabularDataGraph<TabularDataHeatmapConfiguration> graph =
+ new TabularDataHeatmap(config, getBigNumberDatasetFileLines(),
+ getOutputStream(outputFile));
+ assertEquals(0, graph.tryXColumnNumber());
+ assertEquals(0, graph.tryYColumnNumber());
+ graph.generateImage();
+
+ assertTrue(outputFile.exists());
+ assertTrue(outputFile.length() > 0);
+ }
+
@Test
public void testIncorrectlyConfiguredHeatmap() throws IOException
{